依据省内发生传染性非典型肺炎病例数、疫情播散速度和范围及流行趋势，将疫情划分为三个预警等级(一般事件、重大事件和特大事件)：
三级预警(一般事件)：是指周边地区出现疫情或省内有散发传染性非典型肺炎病例，波及范围局限，尚未出现二代病例，经专家预警委员会研究确定为三级疫情。
二级预警(重大事件)：是指传染性非典型肺炎疫情影响范围波及一个市内的多个地区，已出现二代病例并有向其它地区蔓延的趋势，经专家预警委员会研究确定为二级疫情。
一级预警(特大事件)：是指传染性非典型肺炎疫情影响范围波及2个以上的市，已由发生市向其他市扩散，或者20天内2个以上市同时出现本地传播的疫情，已出现多起二代病例，有较明显的流行趋势，经专家预警委员会研究确定为一级疫情。
省传染性非典型肺炎疫情预警与响应的程序是：省传染性非典型肺炎专家预警委员会(以下简称专家预警委员会)提出疫情预警报告，经省卫生厅报省政府和省防治传染性非典型肺炎指挥部研究决定，启动应急响应；依据有关法律法规，报请国务院卫生行政部门授权，由省政府卫生行政部门统一向社会发布。
第二部分 组织管理
一、决策领导机构
辽宁省防治传染性非典型肺炎指挥部(以下简称指挥部)是辽宁省传染性非典型肺炎防治工作的决策领导机构。根据疫情预测和变化情况，不定期召开会议，研究决定全省防治传染性非典型肺炎工作的重要事项和重大决策。
二、日常管理机构
省卫生厅是全省传染性非典型肺炎防治工作的业务主管部门，具体负责全省传染性非典型肺炎日常防控工作的业务指导、组织管理与监督检查；负责日常疫情报告、信息沟通与组织协调防控工作。
三、应急指挥体系
按照疫情等级，建立相应的指挥体系。疫情发生时，负责全省传染性非典型肺炎防治工作的组织管理与协调指挥，明确其组成和参加部门的职责与任务。
四、市，县(市、区)政府职责
各市、县(市、区)政府对辖区传染性非典型肺炎防治工作负总责。根据本预案研究制定辖区内传染性非典型肺炎防治工作应急预案；疫情发生时，根据省政府的部署启动辖区内应急预案；组织协调、督促检查辖区内各部门、各单位和市民群众落实传染性非典型肺炎防治措施。市、县(市、区)卫生局是辖区传染性非典型肺炎防治工作的业务主管部门，负责辖区内传染性非典型肺炎日常防治工作的业务指导、组织管理与监督检查。
第三部分 日常工作措施
一、监测预警与信息报告
(一)疾病预防控制机构
省、市、县(市、区)疾病预防控制中心(CDC)负责传染性非典型肺炎的监测、预警工作。主要职责是：建立监测网络；对监测信息进行汇总、分析；对国内外传染性非典型肺炎发病动态进行收集、汇总和分析对本辖区传染性非典型肺炎疫情进行分析，并做出预警。
(二)监测网络及监测哨点
建立传染性非典型肺炎疫病情监测网络，由各级卫生行政部门、省、市和县(市、区)疾病预防控制中心、各级各类医疗机构、出入境检验检疫部门及其他相关部门、单位构成。
确定全省二级以上125家医院设立发热门诊，省、市和县(市、区)疾病预防控制中心向125家发热门诊派出流调联系人，对发现的可疑情况进行实时监测。
(三)监测内容与信息报告
1、疫情监测与报告
监测哨点医院对有发热症状的病例、传染性非典型肺炎疑似病例、临床诊断病例等情况进行动态监测。每日上午10时前将前日早8时到当日早8时的发热患者发病情况填写《辽宁省发热门诊患者个案调查表》上报省疾病预防控制中心。
监测哨点医院发现传染性非典型肺炎疑似或临床诊断病例后，应在2小时内填写《辽宁省传染病报告卡》，输入疫情信息报告系统，同时报本辖区疾病预防控制中心。
各级各类医疗机构和具有上网条件的乡镇卫生院发现传染性非典型肺炎疑似或临床诊断病例后，必须通过互联网进入“国家传染性非典型肺炎疫情专报系统”进行直报(登录地址为：http：//211.167.248.17)。
