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医疗救治组：整合、统一调配医疗卫生资源，检查、指导定点医院和发热门诊加强科学化、规范化管理，落实防护和控制院内感染措施；监督检查医务人员培训、相关技术标准及规范的落实；组织专家组做好诊断、救治和技术指导工作。
控制疫情输入与维护稳定组：政法委牵头，组织协调铁路、交通、公安、卫生等部门落实出入双控措施，控制疫情输入和输出；由政法部门及武警在必要情况下做好对疫区、疫点的封锁、隔离；维护社会治安稳定；承担流动人口排查等工作。
市场供应监管组：商务部门牵头，协调工商、供销、农业、技术监督、畜牧、物价、药监等部门，组织应急药械、物资和日常生活用品的生产、运输和供应；监测市场供应情况，维护市场经济秩序。
农村组：省委农工办牵头，组织、指导农村落实各项防控措施，并进行监督、检查；协助有关部门完善和加强农村疫情监测网络、防治体系和群防群控体系建设；组织开展对疫区返回人员的排查工作。
教育组：教育部门牵头，负责制定学校防治非典型肺炎工作措施和预案，组织、指导各级各类学校、托幼机构落实防控措施、加强卫生管理和健康教育；协调有关部门控制疫情向学校输入及在校内蔓延，维护学校正常的教学与生活秩序。
后勤保障财务组：财政、发展改革部门牵头，卫生、商务、审计、民政、红十字会等部门配合，做好应急消杀、防护、救护药械和物资储备。负责筹集、管理、拨付和监督用于防治非典型肺炎的预算内外资金和捐赠资金；在疫情监测、预防控制、医疗救治和卫生宣传等工作方面给予资金保证。
宣传组：宣传部门牵头，与卫生部门共同做好宣传工作，正确把握舆论导向，监督、指导新闻媒体科学开展舆论宣传；负责制定宣传计划并组织实施，审核有关新闻报道稿件；发挥卫生部门专业优势，采用多种形式在农村和社区广泛开展科普宣传；搜集、提供国内外舆情资料。
根据预警级别启动相应组织领导体系：
1、三级预警组织领导体系
由省人民政府批准启动三级预警后，被启动三级预警的县(市、区)，应急指挥部在预警后6小时内集结到位，立即开始运行，统一组织、指挥和协调防治工作，直接向同级人民政府负责并报告情况。指挥部办公室综合组、突发疫情处置组、医疗救治组、控制疫情输入与维护稳定组、市场监管组、后勤保障财务组6个职能组履行相应职责。
2、二级预警组织领导体系
由省人民政府批准启动二级预警后，被启动二级预警的设区市，在辖区人民政府的领导下，应急指挥部在预警后5小时内集结到位，立即运行投入防控指挥工作。指挥部办公室9个职能组履行相应职责。
3、一级预警组织领导体系
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