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执行职务的医务人员及所在医疗机构根据《传染性非典型肺炎病例和疑似病例临床诊断标准》进行初步诊断。疑似病例的诊断和排除由设区市专家组负责，临床诊断病例的诊断和排除由省级专家组负责。
血清学检测可作为辅助诊断的方法。省疾病预防控制中心承担非典型肺炎病毒和患者血清检测工作，为临床诊断提供实验室依据。各设区市疾病预防控制机构建立初筛实验室，初筛阳性的标本送省疾病预防控制中心复核、确证。
(四)信息网络建设
1、信息网络。进一步完善省、市、县(市、区)疾病预防控制机构疾病报告管理信息系统，将信息网络延伸至各级各类医院、发热门诊监测点及乡镇(街道)卫生院，触角延伸至村(居委会)疫情报告点，建立覆盖全省的公共卫生信息网络平台。各级各类医院(包括综合医院、专科医院、妇幼保健院)和乡镇卫生院，应通过互联网进入“国家传染性非典型肺炎疫情专报系统”，进行非典型肺炎疫情网络直报。没有上网条件的乡镇(街道)卫生院须配备专用疫情报告电话，通过专用疫情报告电话进行网络直报。村(居委会)卫生室、其他医疗机构和个体诊所通过电话向所属乡镇(街道)卫生院报告疫情，由乡镇(街道)卫生院通过专用疫情报告电话进行网络直报，同时报告当地疾病预防控制机构，形成从村(居委会)到国家疾病预防控制中心的疾病报告信息网络。
2、信息分析与决策。属地设区市疾病预防控制机构要随时掌握当地疫情动态，认真进行疫情分析，及时上报省疾病预防控制中心。省疾病预防控制中心要组织专家做好疫情信息的汇总和研究，及时提出综合性预测分析报告，拟定对策措施报省卫生厅。由省卫生厅依据疫情信息分析向省政府提出决策建议，为省政府决策和指挥防治工作提供及时、准确、统一的信息依据。
(五)预警分级
实行三级预警制度。三级预警(黄色预警)、二级预警(橙色预警)、一级预警(红色预警)。由于影响疫情发生、传播、流行的因素较多，预警分级应根据流行强度、波及范围、续发病例、传播扩散等情况，由预警评估专家委员会综合分析、判定预警级别，并根据流行情况进行调整。
一般应依照下列原则划分预警级别，符合其中一项条件即启动相应级别的预警。
三级预警：
1、周边省(区、市)出现疫情，我省境内无病例报告。
2、出现疑似病例或临床诊断病例，但无续发病例发生。
二级预警：局部地区出现续发病例，疫情局限在一个设区市的范围内。
一级预警：2个设区市以上(含2个)范围内出现续发病例，疫情有继续发展扩散的趋势。
(六)预警启动、调整和解除程序
1、省疾病预防控制中心根据疫情监测信息和汇总分析，把握疫情动态和发展趋势，及时向省卫生厅提出预警建议。各设区市人民政府也可根据当地疫情情况，及时向省人民政府提出预警建议，由省人民政府委托省卫生厅组织预警评估。
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