第十四条 旗县合作医疗办公室应在合作医疗管理委员会认定的国有商业银行设立专用帐户，统筹管理合作医疗基金。建立健全合作医疗基金管理规章制度，按照规定合理筹集，及时审核支付合作医疗基金。同时，结合财政国库管理制度改革及完善情况，逐步实现财政直接支付。
(一)农牧民个人缴费和苏木乡镇集体经济组织的扶持资金，由苏木乡镇设立的派出机构(人员)或委托机构，负责按年汇集缴入旗县合作医疗基金专户。
(二)盟市、旗县财政根据参加合作医疗实际人数，分别将政府支持资金按时足额划拨旗县合作医疗管理基金专用帐户。
(三)中央和自治区财政补助旗县合作医疗的专项资金，由自治区财政根据各地区实际参加人数和各级人民政府支持资金到位情况核定，及时划拨盟市级财政。
第十五条 合作医疗基金的使用实行大额医疗费用补助为主、小额医疗费用补助为辅的办法，既提高农牧民抗风险能力，又兼顾农牧民受益面。
第十六条 合作医疗基金由大病统筹基金和家庭帐户基金两部分构成，个人缴纳部分计入家庭帐户，财政补助部分按一定比例划入家庭帐户。具体划入比例，由各地区自行确定。大病统筹基金是除家庭帐户以外部分，加上基金储蓄利息。
第十七条 合作医疗实行“一户一证”制。农牧民参加合作医疗，应进行注册登记，以户为单位办理《合作医疗证》，持证到合作医疗定点医疗保健机构就诊。家庭帐户基金主要用于在定点村卫生室、苏木乡镇卫生院就医的门诊医药费用，超支不补，结余转下年继续使用；大病统筹基金主要用于在定点苏木乡镇卫生院、旗县以上医疗保健机构就医的住院医药费用。
第十八条 旗县人民政府根据筹资总额及相关政策规定，结合当地实际，合理确定大病统筹基金的支付范围和支付标准。在此基础上，根据以收定支、收支平衡的原则，按照当地人均年收入或住院医疗费支出平均水平，具体制定统筹基金的起付标准、最高支付限额以及在起付标准以上最高支付限额以下的个人负担比例。对一年内多次住院的，起付标准可依次降低。在制定个人负担比例时，对60岁以上人员给予适当照顾。起付标准以下的住院医疗费用，从家庭账户中支付或由个人自付；起付标准以上最高支付限额以下的住院医疗费用主要从大病统筹基金支付，个人也要负担一定比例。既要重点解决农牧民大病住院的费用补助，又要保证多数农牧民得到实惠，同时防止合作医疗基金超支或过多结余。
