第七条 公开公平，民主管理。建立健全合作医疗各项规章制度，吸纳农牧民代表参与合作医疗的管理与监督，发挥各级合作医疗组织和广大群众的管理监督作用。
第三章 组织管理
第八条 合作医疗制度采取以旗县为单位进行统筹。条件不具备的地方，在起步阶段可先采取以苏木乡镇为单位进行统筹，逐步向旗县统筹过渡。
第九条 自治区人民政府、各盟行政公署和设区的市人民政府成立由卫生、财政、农牧业、民政、审计、扶贫等部门组成的合作医疗协调领导小组，负责组织协调辖区内的合作医疗工作。旗县人民政府成立合作医疗管理委员会，委员会成员除由上述部门人员组成外，还应包括参加合作医疗的农牧民代表及定点医院的代表，负责合作医疗的组织、协调、管理和指导工作。
第十条 各级卫生行政部门内部设立合作医疗办公室，具体负责本地区合作医疗管理工作。办公室人员编制由各级人民政府调剂解决，人员、办公经费列入财政预算，不得占用合作医疗资金。根据需要在苏木乡镇设立派出机构(人员)或委托有关机构管理。乡村两级的组织机构由当地自行确定。
第十一条 旗县人民政府成立由有关部门和参加合作医疗的农牧民代表共同组成的合作医疗监督委员会，定期检查、监督合作医疗资金使用和管理情况。
第四章 资金筹集与管理
第十二条 合作医疗制度实行农牧民个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制。
(一)农牧民缴费标准不应低于每人每年10元，农牧民自筹部分由苏木乡镇人民政府和村民委员会统一筹集。对于无经济能力缴纳合作医疗资金的农牧民五保户和贫困户，经个人申请，通过审核、批准程序，可利用医疗救助资金资助其参加合作医疗。
(二)鼓励社会团体和个人资助合作医疗，有条件的乡村集体经济组织要对本地区合作医疗给予适当扶持。
(三)自治区各级财政对参加合作医疗的农牧民给予每人每年10元资助，原则上按照4∶3∶3的比例分别由自治区、盟市、旗县三级财政承担。
第十三条 合作医疗基金是由农牧民自愿交纳、集体扶持、支付资助的民办社会性资金，要按照以收定支、收支平衡和公开、公平、公正的原则进行管理，必须专款专用、专户储存，不得挤占挪用。
