改制目标：到2003年底，自治区直属技术开发类转制科研机构国有资本有序退出，打破计划经济时期建立起来的国有科研事业单位性质及其建制，职工随科研机构的改制转换劳动关系，建立健全科学、规范的公司法人治理结构，重组构建一批科技型企业或企业集团，提高自治区的技术创新能力。
主要任务：
1.改变区直技术开发类转制国有科研机构事业单位性质，使其变成产权多元化的公司制科技型企业，成为技术创新主体。根据国家和自治区有关科技体制改革的精神，采取优惠政策，尽快使区直技术开发类转制科研机构从事业法人转变成企业法人，建立起完善的现代企业制度。
2.转换区直技术开发类转制科研机构职工的劳动关系，使其变成走向市场的社会自然人。通过给予职工一定的经济补偿，解除职工国有事业身份。鼓励改制科研机构的法人代表和内部职工利用解除“国有事业身份”的经济补偿金和自由资金，在自愿的基础上入股，或直接转为改制后企业的等价股权或债权。
3.通过资产重组、产权转让、股权激励、债务处理等多种方式，使国有资本有序退出。通过实施职工参股，经营者持大股，技术骨干持多股，法人入股等方式进行公司制改造，使所有区直技术开发类转制科研机构都改制成为多种经济成份参股的有限责任公司或股份有限公司。
4.培育技术创新主体，加强技术创新体系建设。通过各项有效措施，充分发挥改制科研机构的研发和人才优势，增强其直接为经济建设服务的能力，加快建立现代企业制度的步伐，促进技术创新和科研成果产业化，使其成为最具活力和创新能力的技术创新主体。
二、政策措施
(一)在产权制度改革中，允许科研机构以原机构名称为前缀进行工商注册登记(如，内蒙古自治区×××研究院有限责任公司)。
(二)科研机构改制时其净资产做为国有资产处置基数。在处置土地资产过程中，按照自治区人民政府《关于印发自治区直属科研机构改革中有关政策补充规定的通知》(内政发〔2001〕92号，以下简称《通知》)精神执行。
(三)凡产权归属不清或存在产权纠纷的，应本着有利于推进技术创新、支持科技人员创业和企业长远发展的原则，依照有关规定进行界定。
(四)科研机构改制时，在剥离非经营性资产后，可从净资产中，对欠缴的职工养老统筹、医疗费、所欠职工工资以及解除劳动关系的经济补偿金、抚恤对象安置费等，实行一次性扣除。
(五)对出现的不良、不实资产以及呆坏死帐，确需核销的，应按规定委托社会中介机构审计，并由科技主管部门审核，报国有资产管理部门批准，从净资产中核销。转制为企业的科研机构，至改制基准日尚未核销的应收款项余额，可从净资产中提取5％左右的坏帐准备金，具体比例由财政部门审定。
