要建立相对独立的医疗救助金。实行个人申请、村委会（社区居委会）评议、公示，有关部门审核、发放的管理体制。
四、医疗服务
加强农村卫生服务网络建设，提高医疗服务能力。到2005年底，完成镇卫生院的社区卫生服务中心和村卫生室的社区卫生服务站改建，各级财政予以积极支持。
把新型农村合作医疗与农村社区卫生服务相结合，社区卫生服务中心（镇卫生院）每1－2年为参加合作医疗的农民进行一次健康体检，建立健康档案，实行动态管理，开展便民服务。对参加合作医疗的农民适当减免挂号费、注射费、诊疗费等医疗费，有条件的可优惠部分医药费。政府对农村社区卫生服务中心（镇卫生院）为参加新型合作医疗的人员进行健康体检，建立健康档案的，应给予人均不低于每人10元的标准补助，市级财政承担20%，县、镇财政承担80%。
各地要根据实际情况，在卫生机构中择优选择农村合作医疗定点单位，完善落实各种诊疗规范和管理制度，加大监管力度，严格控制医疗费用的不合理增长，减轻农村合作医疗基金压力。适当拉开农村社区卫生服务中心和二、三级医院的医药费起付线及个人自负比例，引导病人合理分流。社区卫生服务机构应当成为新型合作医疗的首诊单位，建立社区卫生服务中心与上级医院之间的逐级转诊和双向转诊制度。
五、组织管理
市人民政府成立由卫生、劳动保障、民政、财政、体改、农办、计划、审计、扶贫等部门组成的市农村合作医疗协调小组，在市卫生局内部设立管理机构。
各县（市）、区人民政府成立由有关部门和参加合作医疗的农民代表组成的农村合作医疗管理委员会，负责有关组织、协调、管理和指导工作。委员会下设经办机构，负责具体业务工作。各镇（乡、街道）成立相应的组织，镇（乡、街道）社会保障和救助服务站为镇农村合作医疗经办机构。
经办机构的人员由县（市）、区人民政府调剂解决。经办机构的人员和工作经费列入同级财政预算，不得从农村合作医疗基金中提取。
要求委托商业保险公司管理的县（市）、区，只要其管理费用不在农村合作医疗基金列支，且能承担基金风险，也可进行试点。
六、资金管理
农村合作医疗基金必须专款专用、专户储存，不得挤占挪用。农村合作医疗调节金和医疗救助金属农村合作医疗基金的一部分。
