第十二条 基本农田保护区经依法划定后，任何单位和个人不得改变或者占用，不得设立除农业园区之外的各类开发区。国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目选址确实无法避开基本农田保护区，需占用基本农田的，应当向省人民政府土地行政主管部门提出申请，经省人民政府审核同意后，报国务院批准。
第十三条 经国务院批准占用基本农田的单位应当负责开垦与所占基本农田的数量与质量相当的耕地。没有条件开垦或者开垦的耕地不符合要求的，应当按照占用基本农田每平方米十元至十五元的标准向县级以上土地行政主管部门缴纳耕地开垦费，专款用于开垦新的耕地，不得减免、侵占、挪用。
县级和乡级人民政府应当按照国务院的批准文件修改土地利用总体规划，并补划数量和质量相当的基本农田。
第十四条 基本农田保护区内禁止下列行为：
（一）建房、建窑、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物；
（二）买卖或者以其他形式非法转让基本农田；
（三）闲置、荒芜基本农田；
（四）破坏或者擅自改变基本农田保护区的保护标志；
（五）向基本农田排放污染物；
（六）其他破坏基本农田的行为。
第十五条 进行农业结构调整涉及基本农田的，应当保护基本农田的耕作条件，不得破坏基本农田的基础设施。
第十六条 县级以上人民政府应当增加对基本农田的投入，加强对基本农田保护区内的农田水利、水土保持、农田防护林等基础设施建设，预防和治理水土流失。引导和鼓励农业生产者逐年增加对基本农田的投入，改良土壤，提高地力，提倡施用有机肥料，科学施用化肥和农药，防止耕地污染、沙化、盐渍化、荒漠化。
第十七条 县级以上人民政府农业行政主管部门应当会同土地行政主管部门按照基本农田地力调查、质量评价、分等定级的办法，对本行政区域内的基本农田地力进行地力调查、质量评价、分等定级，建立档案。
第十八条 县级以上人民政府农业行政主管部门应当逐步建立基本农田地力与施肥效益长期定位监测网点，每二年向本级人民政府提出基本农田地力变化状况报告以及相应的地力保护措施，并为农业生产者提供施肥指导服务。
