由省教育厅牵头，省劳动保障厅、省建设厅、省文化厅、省民政厅、省外办、省体育局、团省委等部门参加，负责组织对各级各类学校、施工场所、文化娱乐场所、体育训练场所等人群及在外务工人员、来皖的境外人员的疫情监测和防治知识宣传。督促检查各市和有关部门相关工作落实情况。承办总指挥部交办的其它事项。
（四）农村组
由省农委牵头，省劳动保障厅、省卫生厅、省计生委等部门参加。负责农村地区重点人群特别是从省外返乡民工的疫情监测、健康随访与管理，开展非典防治知识宣传。督促检查各市和有关部门相关工作落实情况。承办总指挥部交办的其它事项。
（五）物资供应保障组
由省经贸委牵头，省计委、省财政厅、省药品监督管理局、省工商局、省物价局等部门参加。负责组织救治、防护品包括“消、杀、灭”等药品、用品、物资的生产、调运、储备和供应，平抑市场物价，打击制售假冒伪劣产品等违法犯罪活动，维护市场秩序。督促检查各市和有关部门相关工作落实情况。承办总指挥部交办的其它事项。
（六）社会治安组
由省公安厅牵头，有关部门参加。负责组织、指导查处和打击各类违法犯罪活动，维护社会治安秩序，协助疫情调查处理。督促检查各市和有关部门相关工作落实情况。承办总指挥部交办的其它事项。
（七）宣传组
由省委宣传部牵头，省卫生厅、省广电局、安徽日报社、省新闻出版局以及省有关新闻单位参加。负责组织宣传国家和省有关非典防治政策措施，宣传普及防治知识，发布新闻以及通报全省疫情，并向中央新闻单位提供有关防治工作信息。督促检查各市和有关部门相关工作落实情况。承办总指挥部交办的其它事项。
（八）监察组
由省监察厅牵头，有关部门参加。负责监督检查各地、各部门贯彻执行党中央、国务院和省委、省政府非典防治政策法规和履行职责的情况，受理有关非典防治工作中违反行政纪律行为的控告、检举，调查处理在防治工作中领导不力、玩忽职守、违规违纪等行为。承办总指挥部交办的其它事项。
（九）合肥组
由合肥市政府牵头，省直工委、省卫生厅、省教育厅、合肥军分区、武警合肥支队及市有关部门参加。负责组织合肥地区的非典防治工作，落实包括中央、省在肥党、政、军和企事业单位等的非典防治属地管理职责。承办总指挥部交办的其它事项。
（十）办公室
由省政府办公厅牵头，省卫生厅、省政府研究室等部门参加。负责组织起草向党中央、国务院和省委、省政府汇报材料，起草领导讲话，草拟有关文件，编印工作简报，沟通各组工作情况和信息。督促检查各市和有关部门相关工作落实情况。承办总指挥部交办的其它事项。
各市、县非典防治工作指挥部内设机构可根据具体情况参照设置。
三、相关部门、单位和组织的职责
（一）卫生部门
负责组织制定卫生部门防治工作方案，制定疫情监测、调查处理、病人诊治等工作技术规范和方案，成立疫情预警专家评估委员会和预防控制、医疗诊治专家组，组建疫情应急处理队伍，加强收治和应急处理能力建设。指定定点医院和合理设置发热门诊。组织开展非典的监测、分析、报告和预警，提出应急预案的启动、防治物资和经费计划、防治对策和措施等建议。组织开展非典疫情调查、控制和医疗诊治工作。依法监督落实预防控制措施。开展健康教育、咨询和业务培训工作。
（二）交通、铁路、民航等部门
负责组织制定交通、铁路、民航系统防治工作方案，组织设立检疫站，承担交通检疫工作。组织开展对司乘人员防治知识的宣传，对交通工具和场所的消毒等工作。适时开展对司乘人员健康申报和检疫，发现有发热等症状者，及时留验观察，对可疑病人要及时报告当地疾病预防控制机构，并通知指定的转运机构将病人送至当地发热门诊做进一步检查。配合协助有关部门做好乘客中发现的病人、疑似病人的处理及其密切接触者追踪随访工作。督促运输单位落实各项预防控制措施。
（三）农业部门
负责组织制定农村非典预防控制工作方案，指导和加强对广大农民进行卫生知识宣传。组织开展农民工流动情况监测、管理，组织开展对农民特别是返乡农民工的疫情监测和健康随访工作。配合有关部门采取有效措施，预防控制疫情在农村的发生、传播和流行。
（四）教育部门
负责组织制定学校、托幼机构非典预防控制工作方案。组织开展对师生员工的健康教育，普及防治知识，组织开展学校疫情监测。监督指导学校、托幼机构落实各项预防控制措施。配合有关部门采取有效措施，预防控制疫情在学校的发生、传播和流行。
（五）公安、安全、司法部门
负责组织制定监管场所非典预防控制工作方案。根据非典疫情，及时做好法制宣传，依法、及时、妥善处置有关的突发性事件，查处打击违法犯罪活动和欺行霸市行为，维护社会稳定。协助医疗卫生单位做好流行病学调查，落实各项强制隔离治疗措施。预防监管场所发生疫情。
（六）质监、药监、物价、工商部门
负责组织做好防控非典物资市场特别是药械市场的监督管理，维护正常的生产经营秩序，保证物资供应及时、充足，加强质量监督和价格监管，打击乘机囤积居奇、哄抬物价和制售假冒伪劣产品等违法行为。
（七）经贸部门
