第十三条 基本农田建设基金实行省、市、县三级分管，其中县留70%，上缴市、省各15%。基本农田建设基金由市、县国土管理部门代收，财政部门专帐单列管理。资金的使用，由各级农业行政主管部门会同国土、水利等有关部门提出方案，经同级人民政府批准后专项用于基本农田保护区的各项设施维护建设和开荒造地、围垦造田，并接受财政部门的监督。
第十四条 兴办建设项目，凡损害原有的农田水利及其他设施未予复修，受害单位有权要求限期复修和赔偿因受损害所造成的实际损失。
第十五条 各级农业行政主管部门要认真搞好基本农田保护区的建设工作，建立地力补偿制度，采用生物性措施和工程治理相结合的办法，实行山、水、田、林、路综合治理，增加和完善农田基础设施，提高抗灾能力，实现基本农田高产稳产。
第十六条 凡在基本农田保护区内从事农业生产经营的单位和个人，都要承担农田建设和保养义务，保持和培育地力。
第十七条 各级人民政府应把基本农田保护区的管理工作列入耕地保护任期目标责任制，认真贯彻实施；每年应向同给人民代表大会常务委员会和上级人民政府报告基本农田保护区的建设和管理工作情况。
第十八条 对贯彻执行本条例成绩显著的单位和个人，各级人民政府应予以表彰和奖励。
第十九条 任何单位和个人均有权监督、检举、控告违反本条例和国家有关耕地保护法律、法规的行为。对违反本条例和有关法律规定，乱占滥用基本农田保护区土地搞非农建设的行为，国有农业企业和农村集体经济组织有权抵制。
第二十条 违反本条例规定，在基本农田保护区内搞非农建设的，由土地管理部门责令限期治理，可以并处被毁坏耕地每平方米15元以下的罚款。
第二十一条 违反本条例第十条规定，在基本农田保护区内取土、挖沙、采矿、建矿瓦窑、建坟墓（场）的，除按国家和省土地管理法规处理外，并处实际占用面积每平方米5元至10元罚款。
