（二）因地制宜，分类指导。建立新型农村合作医疗制度要从实际出发，根据当地经济发展水平和农民群众承受能力，因地制宜地确定举办形式、筹资标准、支付范围和补偿比例等。
（三）以收定支，保障适度。新型农村合作医疗制度要坚持以收定支、量入为出、收支平衡，既保证新型农村合作医疗持续有效运行，又使农民能够享有最基本的医疗服务。
（四）先行试点，逐步推广。建立新型农村合作医疗制度，要通过试点，总结经验，不断完善，稳步发展，要随着农村社会经济发展和农民收入的增加，逐步提高社会化程度、保障水平和抗风险能力。
三、组织管理
（一）为提高新型农村合作医疗制度的覆盖面和保障能力，一般采取以县（市）为单位进行统筹，实行县、乡、村联办。条件不具备的地方，在起步阶段也可以先采取以乡（镇）为单位进行统筹，逐步向县（市）统筹过渡。
（二）按照精简高效原则，省、市人民政府成立由卫生、财政、农业、民政、审计、扶贫等部门组成的农村合作医疗领导小组，负责组织协调辖区内的农村合作医疗工作。各级卫生行政部门内部设立专门的农村合作医疗管理机构，原则上不增加编制。
县级人民政府成立由有关部门和参加合作医疗农民代表组成的农村合作医疗管理委员会，负责有关组织、协调、管理和指导工作。委员会下设农村合作医疗经办机构，负责具体业务工作，人员由县级人民政府调剂解决，人员和工作经费列入同级财政预算，不得从合作医疗基金中提取。根据需要在乡（镇）可设立派出机构（人员）或委托有关机构管理。
四、筹资标准
新型农村合作医疗制度实行个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制。
（一）农民个人每年的缴费标准不应低于１０元，经济条件好的地区可相应提高缴费标准。农民为参加农村合作医疗而进行缴费，不能视为增加农民负担。乡镇企业职工（不含以农民家庭为单位参加新型农村合作医疗的人员）是否参加新型农村合作医疗由县级人民政府确定。
（二）对农村五保户和贫困农民家庭无经济能力缴纳合作医疗费用的，由个人申请、村民代表会议评议、乡（镇）政府审核、县级民政部门批准，可利用医疗救助资金资助其参加当地合作医疗。
（三）有条件的乡村集体经济组织要对本地新型农村合作医疗制度给予适当扶持。扶持新型农村合作医疗的乡村集体经济组织的类型、出资标准由县级人民政府确定，但集体出资部分不得向农民摊派。鼓励社会团体和个人资助新型农村合作医疗制度。
