七、第十三条第二款增加“取水项目建设前，要进行水资源专项论证”。
八、第十五条修改为：“在自治州境内新建耗水建设项目，必须进行水资源专项论证，提出水重复利用的实施方案及措施，由同级人民政府相关部门征得同级水行政主管部门同意后，方可办理项目审批手续。建设项目竣工后，经对水工程验收合格，方可投入生产”。
九、删去第十六条。
十、第十七条作为第十六条，修改为：“新建、改建、扩建向河流、湖泊及地下排放污染物的建设项目，应当报经有管辖权的水行政主管部门同意，由环境保护行政主管部门审批后，方可予以立项。建设项目的水污染防治设施必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投入使用”。增加一款作为第二款：“本条例公布前已向河流、湖泊及地下排放污染物的单位，应当制定治理措施，限期治理”。
十一、第二十条作为第十九条，修改为：“禁止在河流、湖泊、水库、泉眼、渠道的管理范围内弃置、堆放、倾倒土石等固体废弃物和生活垃圾”。
十二、第二十二条作为第二十一条。第一款修改为：“地下水的开采应从严控制，保持采补平衡，防止地下水位下降导致草场植被退化、土壤荒漠化、地面沉陷等灾害一水行政主管部门与其他相关部门，应加强水质、水量的监测工作”。
十三、第二十四条作为第二十三条，分两款表述。第一款修改为：“自治州实行取水许可证制度”。第二款修改为：“凡利用水工程和机械提水设施直接从河流、湖泊、地下取水的单位和个人，应按分级限额管理的原则，向各级水行政主管部门申请取水许可证。取水许可证持有人应按规定取水，不得擅自变更取水地点或超量取水”。
十四、第二十五条第一款修改为：“自治州人民政府水行政主管部门对下列取水免予申请取水许可证：
(一)农牧民家庭生活用水以及牲畜的饮水；
(二)用人力、畜力或其他简易方法取水的；
(三)为农牧业抗旱应急取水的；
(四)为保障矿井等地下工程安全取水的；
(五)为防御和消除对公共安全和公共利益的危害取水的”。
