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1.卫生厅 组织开展“非典”疫情监测分析报告，提出预警等级；向自治区人民政府提出批准启动全区应急预案，组织指导全区防治工作；组织制定有关技术方案和工作规范，依法科学实施医疗救治；开展健康教育、技术人员培训，会同有关部门提出物资和经费储备计划，检查督导“非典”应急预案落实情况等。
2.教育厅 组织制定“非典”工作方案，实施学校“非典”控制措施，在学生、教职工中普及健康知识，及时报告学校防控情况及传染病发生情况。
3.科技厅 协调“非典”病原、检验检测技术科研攻关，组织开展自治区内、国内及国际间科研合作与交流，开展蒙医药研究。
4.民政厅 制定低收入人群及进城务工人员医疗救助政策，负责区内外团体、个人捐助的“非典”应急处理经费及物资管理和使用。
5.财政厅 制定经费保障方案及相关政策，保证“非典”应急药械、医疗救治、疫情处理等所需经费；保证“非典”应急所需日常工作和运行经费，建立“非典”应急处理储备基金，对边远、贫困地区“非典”应急处理工作给予财政支持。
6.劳动和社会保障厅 制定“非典”医疗费用保障措施，做好下岗职工医疗救助及医疗保障工作。
7.建设厅 组织制定城市社区“非典”防控方案，提出居民区楼房使用功能管理规范；做好城市饮用水卫生安全管理，落实建筑物及建筑工人“非典”预防控制措施。
8.铁道、交通、民航 建立交通检疫机制，组织地方相关部门对交通工具乘运人员及物资进行交通检疫、检验工作，优先安排疫区紧缺物资运送及人员疏散。
9.农牧业厅 实施农村牧区预防“非典”工作方案，开展家畜家禽疫病防治工作，指导并加强对广大农牧民群众卫生知识的宣传和普及。
10.质量技术监督局、出入境检验检疫局 组织口岸检验、检疫部门进行出入境卫生检验、检疫，防止“非典”传入和传出，收集、提供区内外及国外“非典”疫情动态和信息，负责“非典”应急处理相关产品的质量监督、检验。
11.公安厅 负责疫区社会治安及协助当地人民政府采取相关措施。
12.广播电影电视局及各新闻单位 开辟健康教育宣传栏目，加强“非典”应急处理宣传报道工作。
13.林业厅 查处违法偷猎、贩运和加工可能成为“非典”传染病宿主的野生动物的行为。
14.药品监督管理局 “非典”相关药品、疫苗、诊断试剂，医疗清洁，医疗器械等物资的质量监督管理及审批工作。
15.工商行政管理局、物价局 负责维护和稳定市场秩序。
16.环保局 负责医疗保健机构垃圾和污水处理监督监测。
盟市、旗县也要成立非典型肺炎预防控制工作领导小组，负责本地区“非典”防治的领导管理工作。
（二）自治区宣布进入二级预警状态时，启动自治区非典型肺炎预防控制指挥部（以下简称自治区“非典”指挥部），指挥部下设办公室、预防控制专家组、医疗救治专家组、宣传组、维护稳定组、后勤保障组、市场秩序维护组、督查组、调研组、执纪执法组等10个机构。
办公室：负责组织领导小组的各类会议；起草印发领导讲话、会议纪要、综合汇报材料；编发“非典”防治专报；编写大事记；组织承担上级领导、专家接待工作；24小时值班；领导交办的其他工作。
预防控制专家组：负责制定预防控制方面的技术方案；对流调、消毒、隔离、疫情处理等预防控制措施进行技术指导、咨询和监督检查；参与自治区、盟市首例病例的判定；对启动应急预案的等级提出建议；疫情的动态分析与预测，为控制疫情提出建议，为领导决策提供服务；为基层培训提供技术指导；对防控措施进行评估与评价。盟市应成立相应的预防控制专家组。
医疗救治专家组：负责制定医疗救治方案，组织会诊和治疗；自治区、盟市首例病例的诊断；参与提出启动应急预案等级的建议；为基层培训提供技术指导；对西药、中蒙药、新药对治疗疗效的评价；对基层救治工作提供技术咨询和支持，指导开展医疗救护和疑难病症鉴别诊断，开展救治综合分析。盟市应成立相应的预防控制专家组。
宣传组：负责组织协调中央驻区新闻单位和自治区各级新闻宣传部门搞好防治“非典”的新闻宣传工作，包括每日公布疫情，适时召开新闻发布会和联席会等；编发有关宣传材料（法制教育宣传材料、防治“非典”宣传教育材料等）；开展防治“非典”普及教育，通报有关重要信息，向中央主流媒体积极报送防治“非典”的稿件。
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