第九条 合作医疗基金由中央和地方财政资助资金、农村居民个人缴费，以及乡村集体、社会团体和个人资助的资金组成。
第十条 中央财政对参加新型农村合作医疗的农村居民按年人均10元给予补助；省、地（州、市）、县（市、区）财政对参加新型农村合作医疗的农村居民按每人均10元给予补助，其中省级财政补助4元，地（州、市）、县（市、区）财政各补助3元。农村居民个人每年缴费不低于10元，经济条件较好的地区，可适当提高个人缴费标准。乡镇企业职工（不含以农村居民家庭为单位参加新型农村合作医疗的人员）是否参加新型农村合作医疗由县级人民政府确定。
有条件的乡村集体经济组织应对本地新型农村合作医疗制度给予适当扶持。扶持新型农村合作医疗的乡村集体经济组织类型、出资标准由县级人民政府确定，但集体出资部分不得向农民摊派。
第十一条 中央和地方财政资助的合作医疗资金和向农村居民筹集的个人缴费，以及其他渠道筹措的合作医疗经费，要及时划入县（市、区）合作医疗管理中心开设的农村合作医疗基金专用账户。其中，农村居民缴纳的参加合作医疗的费用应建立家庭账户，专款专用，不得挤占挪用。合作医疗资金必须存入本县（市、区）农村合作医疗管理委员会认定的国有商业银行管理。
第十二条 农村合作医疗经办机构的人员经费和工作经费不得从农村合作医疗基金中提取，由县级财政列入年度预算。省、地（州、市）级开展新型农村合作医疗工作所需经费由同级财政解决。
第十三条 农村居民个人缴纳的合作医疗费，原则上按年由县（市、区）农村合作医疗管理中心派出人员或委托有关机构收取，收取费用时应使用省财政统一监制的票据。省、地（州、市）、县（市、区）三级财政按比例补助的合作医疗专项资金，以通过审核的年报表为依据划拨。待农民个人缴纳和地方财政补助的资金到位后，省财政即转拨国家补助资金。
第十四条 农村合作医疗基金主要补助参加新型农村合作医疗农村居民的大额医疗费用或住院医疗费用。有条件的地方，可实行大额医疗费用补助与小额医疗费用补助结合的办法，既提高抗风险能力又兼顾农民受益面。
农村居民在定点医疗服务机构就诊发生的减免费用，由医疗服务机构向县（市、区）合作医疗管理中心报账；按规定转诊上级医院就诊发生的减免费用，由患者持医疗费用结算票据到县（市、区）管理中心报账。合作医疗定点服务机构必须为参加合作医疗的农村居民设立就诊专用账户和档案。
