负责征收排污费的环境保护行政主管部门应当向排污者送达《排污核定通知书》和《排污费缴费通知单》，并通过同级媒介至少每年公告1次排污者缴纳排污费的数额。
第九条 负责征收排污费的环境保护行政主管部门在核定污染物排放种类、数量时，对具备监测条件的，按照国务院环境保护行政主管部门规定的监测方法监测的数据进行核定；对不具备监测条件的，按照国务院环境保护行政主管部门规定的物料衡算方法计算的数据进行核定；对餐饮、娱乐、服务等第三产业的排污者，按照省环境保护行政主管部门规定的抽样测算办法测算的数据进行核定。对核定办法，排污者有权查询。
具备安装污染物排放自动监控仪器条件的排污口，由排污者安装污染物排放自动监控仪器，并对其进行定期校验。排污者安装国家规定强制检定的污染物排放自动监控仪器的，其监测数据作为核定污染物排放种类、数量的依据。
第十条 排污者对负责征收排污费的环境保护行政主管部门核定的污染物排放种类、数量或者排污费缴纳数额有异议的，可以自接到通知之日起7日内，向该环境保护行政主管部门申请复核；环境保护行政主管部门应当自接到复核申请之日起10日内作出复核决定。排污者对复核决定不服的，可以在按照复核决定缴纳排污费后，依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
上级环境保护行政主管部门对下级环境保护行政主管部门核定的污染物排放种类、数量和排污费缴纳数额有疑问的，可以重新核定。
第十一条 排污者应当在接到《排污费缴费通知单》或者复核决定之日起7日内，到指定的商业银行缴纳排污费；未设银行账户的排污者，可以直接到负责征收排污费的环境保护行政主管部门缴纳排污费；收款的环境保护行政主管部门应当于当日将收取的排污费缴入财政部门指定的商业银行。
商业银行应当按照财政部门的规定按日将收取的排污费缴入国库；国库应当按照本办法第十二条规定的比例，按月将相应数额的排污费解缴相关国库。
环境保护行政主管部门收取排污费，应当出具收费许可证和省财政部门统一印制的排污收费专用票据。
第十二条 自本办法施行之日起至2005年12月31日止，中央、省属单位缴纳的排污费，10％缴入中央国库，90％缴入省国库；其他单位和个体工商户缴纳的排污费，10％缴入中央国库，90％缴入设区的市、自治州、县（市、区）国库，具体分配比例，由设区的市、自治州人民政府确定。
