1．一级疫情：
(1)在30日以内，有2个地级市或全区有10个以上的县(市、区)发生动物冠状病毒病疫情，疫点在10个以上的；
(2)一个地级市在30日以内出现疫点10个以上的；
(3)一个县(市、区)30日以内病畜数在300头(只)以上的或病禽数在3000羽以上的；
(4)因其他特殊情况，需要划为一级疫情的。
2．二级疫情：
(1)一个地级市在30日以内有百分之二十的县(市、区)发生动物冠状病毒病疫情的；
(2)一个地级市在30日以内出现5—10个疫点的；
(3)一个县(市、区)在30日以内出现病畜数在200头(只)以上或病禽数在2000羽以上的；
(4)因其他特殊情况，需要划为二级疫情的。
3．三级疫情：
一个县(市、区)局部零星发生动物冠状病毒病，病畜禽和疫点都较少的疫情。
二、疫情应急指挥系统及政府、部门职责
(一)指挥系统。
自治区人民政府负责全区动物冠状病毒病疫情控制的统一指挥和组织协调工作；根据疫情发生、发展态势，及时启动或停止本预案；组织、协调有关部门落实本预案，并监督实施。
(二)各级人民政府的职责。
1．各级人民政府对本辖区动物疫病防治工作负总责，统一领导和指挥动物冠状病毒病控制的应急处理工作。
2．各级人民政府要根据财力可能，将动物冠状病毒病防治经费和疫情应急处理所需资金列入同级财政预算；要从人员、经费、物资上保证动物冠状病毒病防治和疫情应急处理的需要。
3．发生动物冠状病毒病时，负责发布封锁令，启动应急预案，动员、组织、协调有关部门及时控制和扑灭疫情。
4．采取有效措施，做好动物冠状病毒病的强制免疫和监测工作，防止疫病的发生和流行。
(三)有关部门职责。
1．水产畜牧部门：
(1)调集动物防疫和防疫监督有关人员开展疫情控制工作，开展流行病学调查，迅速对疫情作出全面评估；
(2)诊断疫病，划定疫点、疫区、受威胁区，提出封锁建议，并参与组织实施；
(3)对病畜禽和同群畜禽的扑杀及无害化处理工作进行指导和监督；
(4)对易感动物进行紧急免疫接种；
(5)指导和监督疫点、疫区内的消毒和无害化处理工作；
(6)对疫点、疫区、受威胁区内的易感染动物及其产品实施检疫；对其生产、加工、贮藏、运输和销售等环节进行监督管理；
(7)负责动物防疫监督检查站的管理工作；
