自2006年1月1日起，收取的排污费按照下列规定执行：
（一）省环境保护行政主管部门征收的排污费，10％缴入中央国库，90％缴入省国库；
（二）设区的市环境保护行政主管部门征收的排污费，10％缴入中央国库，25％缴入省国库，65％缴入设区的市国库；
（三）县（市）环境保护行政主管部门征收的排污费，10％缴入中央国库，20％缴入省国库，10％缴入设区的市、自治州国库，60％缴入县（市）国库。
第十三条 排污者因洪涝、干旱等自然灾害或者突发公共卫生事件、火灾、他人破坏等原因，遭受重大直接经济损失的，可以在发生之日起30日内向设区的市、自治州以上环境保护行政主管部门申请减缴或者免缴（以下简称减免）排污费。
第十四条 减免排污费的申请，按照下列权限审批：
（一）排污者申请减免排污费数额在500万元以上的，由省财政、价格、环境保护行政主管部门提出审核意见，报国务院财政、价格、环境保护行政主管部门审批；
（二）排污者申请减免排污费数额在50万元以上500万元以下（含500万元），装机容量30万千瓦以上电力企业申请减免排污费数额在500万元以下（含500万元）的，由省财政、价格、环境保护行政主管部门审批；
（三）排污者申请减免排污费数额在50万元以下（含50万元）的，由设区的市、自治州财政、价格、环境保护行政主管部门审批。
批准减、免排污费的最高数额，分别不得超过排污者半年、1年的排污费应缴额。
排污者因未及时采取有效措施造成环境污染的，不得批准减免排污费。
第十五条 养老院、残疾人福利机构、殡葬机构、幼儿园、特殊教育学校、中小学校（不含其所办企业）等国务院财政、价格、环境保护行政主管部门规定的非盈利性社会公益事业单位，在达标排放污染物的情况下，经负责征收排污费的环境保护行政主管部门核准后可以免缴排污费。
第十六条 排污者有下列情形之一的，可以向负责征收排污费的环境保护行政主管部门申请缓缴排污费；环境保护行政主管部门应当在收到申请之日起7日内作出决定；逾期未作出决定的，视为同意：
（一）依照本办法规定正在申请减免排污费期间；
（二）企业由于经营困难濒临破产、倒闭或者处于停产、半停产状态。
