九、增加一条作为第十一条：“严格控制主城内高等院校和主城外零星分布的高等院校现有用地规模。新增高等院校用地原则上集中安排在规划的大学城。”
十、第十一条作为第十二条，第一款修改为：“长江南京段岸线应当合理分配和利用，并保留足够的城市生活岸线。港口布局应当符合‘深水深用、浅水浅用’的原则。对长江岸线现有的码头应当逐步进行调整和归并，对不符合城市规划的码头应当逐步迁移。”
增加一款作为第三款：“在水源保护区内严禁建设与水源保护无关的各类建设工程，保护区内的现有污染企业和排污口应当逐步迁移或者取消。”
十一、第十三条作为第十四条，修改为：“对下列建设项目，建设单位应当按照《条例》第二十七条规定的管理权限，向市或者县规划管理部门申领选址意见书：
（一）需征用农民集体所有土地的；
（二）需编制可行性研究报告的；
（三）市政府指定的其他项目。”
十二、第十四条作为第十五条，第一款第（二）项中“30日”修改为“20个工作日”。
十三、第十五条作为第十六条，第一款中“申请建设用地规划许可证”修改为“申领建设用地规划许可证”。
十四、第十六条作为第十七条，删除第（三）项。增加两项作为第（一）项、第（四）项：“（一）需征用农民集体所有土地的；（四）改变原土地使用性质的；”
十五、第十七条作为第十八条，第一款修改为：“建设单位申领建设用地规划许可证，应当向规划管理部门报送建设用地规划许可证申请表、有效的建设项目批准文件、拟用地范围的地形图以及由规划管理部门指定的其他图件。属第十四条规定需申领选址意见书的项目，还应当提交选址意见书。”
第二款修改为：“规划管理部门应当在收到上述图件之日起20个工作日内审查完毕，对符合要求的，提出规划设计要点，核发建设用地规划许可证。”
十六、第十八条作为第十九条，删除第一款第（一）项中“（一式4份）”；第（二）项中“30日”修改为“10个工作日”。
十七、第二十一条作为第二十二条，第二款修改为：“以招标、拍卖、挂牌等方式公开出让土地，应当将市、县规划管理部门提出的规划设计条件及附图作为土地出让合同的组成部分。中标单位可以持中标通知书、土地出让合同、现状地形图，向市、县规划管理部门直接申请办理建设用地规划许可证。”
增加一款作为第二款：“以协议方式出让的地块，土地出让合同中的用地性质和用地范围必须符合建设用地规划许可证的要求，市、县规划管理部门确定的主要经济技术指标应当作为土地出让合同的组成部分。”
