借鉴农业工程项目管理办法，通过具体的建设项目支持民营农产品加工企业发展，扶持方式、程序和管理办法按国家和省原有的政策规定执行；原有专项资金的性质、用途、主管部门、下达渠道不变，由省农业厅和省财政厅按照现有的管理办法和程序实施管理。
1.省“三高”农业专项资金的申报程序：由企业向县（市、区）、市农业局提出申请，县（市、区）、市农业局组织论证并会同同级财政局联合向省农业厅提出申请（县级推荐项目需经地级市农业、财政部门审核加具意见后报省农业厅）。省农业厅对各地申报的项目进行审查并提出安排方案，会同省财政厅审核并联合报省政府分管领导审批后，由省农业厅和财政厅联合下达项目计划和资金。
2.省农业龙头企业的贷款贴息资金的申报程序：按《广东省农业龙头企业项目贷款贴息资金管理办法》（粤财农〔2003〕122号）执行。
3.国家农业综合开发产业化多种经营项目资金的申报程序：按《
国家农业综合开发项目和资金管理暂行办法》（财发字〔1999〕1号）执行。
二、扶持民营农产品加工企业发展的政策优惠
（一）对民营农产品加工和鲜活农产品运销企业，发放500个农产品运输绿色直通车证。持绿色直通车证的车辆在本省境内可享受国务院规定的“绿色通道”证车辆同等的优惠。包括对运输鲜活农产品的车辆，在通过路桥收费站时，享受优先通行的待遇。绿色直通车证申领及管理办法由省农业和交通行政主管部门制定后向社会公布。需要申领绿色直通车证的企业向所在地的地级以上市农业行政主管部门提出申请，经地级以上市农业行政主管部门审核后，由省农业和交通行政主管部门联合审批发放。
（二）对企业加工生产用盐价格实行让利优惠。以腌、卤加工为主的民营农产品加工企业和民营饲料生产企业，经县（市、区）农业行政主管部门确认其加工项目、生产规模和年用盐数量后，可向当地盐业行政主管部门申报生产用盐计划，由省盐业行政主管部门审核并列入计划，指定当地盐业公司在食盐（不含碘粗盐）批发价的基础上，按让利7%的转批发优待率，直接供应民营农产品加工企业和民营饲料生产企业。
（三）参照《
国务院办公厅印发关于促进农产品加工业发展意见的通知》（国办发〔2002〕62号）精神，对民营农产品加工企业（包括民营种植业、养殖业企业）从事种养业或农、林产品初加工所得，从2004年1月1日起，连续5年免征企业所得税。5年后（即2009年1月1日起），民营农产品加工企业研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的各项费用，在缴纳企业所得税前扣除。民营农产品加工企业引进技术和进口设备，符合国家有关税收政策规定的，免征关税和进口环节增值税。
