这次治理整顿土地市场秩序采取各地自查自纠，自治区抽查，国土资源部重点抽查验收相结合的办法。治理整顿工作分为四个阶段进行：
（一）动员部署阶段（２月２５日至３月１５日）
各级人民政府要根据国土资源部和自治区人民政府进一步治理整顿土地市场秩序工作电视电话会议的要求，立即进行治理整顿动员和部署，组织制定本地区治理整顿工作实施方案。要大力宣传《
土地管理法》等法律法规及有关文件和规定，增强依法行政意识，为治理整顿创造良好的舆论氛围。学习、宣传要贯穿于这次进一步治理整顿土地市场秩序工作的全过程。各地纪检、监察和国土资源管理部门要设立举报箱，公布举报电话，通过各种渠道掌握土地违法违纪的行为和人员，为治理整顿工作奠定坚实的基础。
（二）学习和对照检查阶段（３月１６日至３月３１日）
各级人民政府要认真学习温家宝副总理批示、国土资源部和自治区进一步治理整顿土地市场秩序工作电视电话会议精神，深刻领会，切实提高对治理整顿工作重要性的认识。各级国土资源管理部门要集中时间、集中力量对近年来国家制定的相关法规、政策进行深入学习，着重学习《
土地管理法》确立的规划用地、用途管制、保护耕地和违法查处等几项重要原则、制度和
国务院《关于加强国有土地资产管理的通知》（国发〔２００１〕１５号）及自治区人民政府《关于加强土地市场建设有关问题的通知》（新政府〔２００２〕２１号）等文件精神，学习土地市场管理的六项基本制度（建设用地总量控制制度、城市建设用地集中统一供应制度、土地使用权公开交易制度、基准地价定期更新制度、土地登记资料可查询制度、集体决策制度），建立健全国有土地有偿使用制度、土地收购储备制度、国有土地收益收缴制度、土地有形市场交易制度、国有土地使用权公开招标拍卖挂牌制度、土地违法违纪案件查处联系办公制度等，并逐一进行对照检查，梳理、分析这些法规、政策和制度在本地的落实情况，发现问题、查找差距、分析原因。
（三）处理和整改阶段（４月１日至６月５日）
各地在摸清基本情况的基础上查摆问题并及时处理，同时要制定整改措施，做到边整边改。对治理整顿中发现的问题，该清理的要坚决清理，该纠正的要主动纠正，该立案查处的要立案查处，该曝光的要公开曝光。伊犁州、昌吉州、乌鲁木齐市、巴州、阿克苏、喀什等建设用地规模相对较大的县（市），作为自治区治理整顿土地市场秩序的重点，更要扎实细致的开展工作，为自治区土地市场建设创造和积累经验。自治区根据各地工作开展的情况，组织力量对各地治理整顿工作进行督查指导。各级国土资源管理部门要认真核查和如实填写下发的统计表格中有关内容，将治理整顿中发现和处理的问题报上一级国土资源管理部门。各地、州、市将自查自纠情况汇总后报自治区国土资源厅，自治区国土资源厅统一汇总自治区的治理整顿情况报国土资源部督查办公室。
