省、市人民政府成立由卫生、财政、农业、民政、审计、扶贫等部门组成的农村合作医疗协调小组。各级卫生行政部门内部应明确农村合作医疗管理机构。
新型农村合作医疗制度以县（市）为单位进行统筹。县（市）成立由有关部门和参加合作医疗的农民代表组成的农村合作医疗管理委员会，负责合作医疗的组织、协调、管理和指导工作。委员会下设经办机构，负责具体业务工作，人员由县级人民政府调剂解决。根据需要在乡（镇）可设立派出机构（人员）或委托有关机构管理。经办机构的人员和工作经费列入同级财政预算，不得从农村合作医疗基金中提取。
三、筹资标准
新型农村合作医疗制度实行个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制。
１、农民个人每年的缴费标准不应低于１０元，经济条件好的地区可相应提高缴费标准。乡镇企业职工（不含以农民家庭为单位参加新型农村合作医疗的人员）是否参加新型农村合作医疗，由县级人民政府确定。
２、有条件的乡村集体经济组织应对本地新型农村合作医疗制度给予适当支持，其组织类型、出资标准由县级人民政府确定，但集体出资部分不得向农民摊派。鼓励社会团体和个人资助新型农村合作医疗制度。
３、省、市、县财政每年对参加新型农村合作医疗农民的资助合计不低于人均１０元，试点期间，三级财政总体分担比例暂定为３∶２∶５（具体补助办法另行制定）。今后随着财政收入的增加，可适当提高财政资助水平。
４、中央财政每年通过专项转移支付，对我省除市区以外的参加新型农村合作医疗的农民按人均１０元安排补助资金。
四、资金管理
农村合作医疗基金是由农民自愿缴纳、集体扶持、政府资助的民办公助社会性资金，要按照以收定支、收支平衡和公开、公平、公正的原则进行管理，必须专款专用，专户储存，不得挤占挪用。
１、农村合作医疗基金由农村合作医疗管理委员会及其经办机构进行管理。农村合作医疗经办机构应在管理委员会认定的国有商业银行设立农村合作医疗基金专用账户，确保基金的安全和完整，并建立健全相应的规章制度，按照规定合理筹集、及时审核支付农村合作医疗基金。
２、农村合作医疗基金中农民个人缴费及乡村集体经济组织的扶持资金，原则上按年由农村合作医疗经办机构在乡镇设立的派出机构（人员）或委托有关机构收缴，存入农村合作医疗基金专用账户；省、市、县财政支持资金，由各级财政部门根据参加新型农村合作医疗的实际人数，划拨到农村合作医疗基金专用账户；中央财政补助我省新型农村合作医疗的专项资金，由省财政转拨。各级财政要确保补助资金及时、全额拨付到农村合作医疗基金专用账户，并通过新型农村合作医疗试点逐步完善补助资金的划拨办法，尽可能简化程序，方便操作。要根据财政国库管理制度改革和完善情况，逐步实现财政直接支付。
