（一）赤潮防治协调机制
由市海洋管理领导小组领导，市海洋行政主管部门牵头，市海洋管理领导小组成员单位和市工商局、旅游局、气象局、卫生局、体育局、厦门海关、厦门动植物检验检疫局组成赤潮防治协调小组。当厦门海域发生赤潮尤其是发生有毒赤潮时，组织协调海洋赤潮的防灾减灾工作。
（二）赤潮防治技术支撑体系
1、由国家海洋局第三海洋研究所牵头，吸收厦门大学、福建海洋研究所、福建省水产研究所、厦门海洋管区、厦门海洋环境监测中心站等单位的专家参加，组成赤潮技术研究小组，负责对赤潮发生机理进行研究和对赤潮发生后生物优势种进行鉴定、判别以及提出防治对策。
2、以厦门海洋环境监测中心站、福建省渔业环境质量监测站为主组织开展厦门海洋赤潮的监测、监视工作；福建海洋研究所、厦门海洋管区、市水产研究所等监测单位配合开展赤潮的应急监测、监视工作；其他赤潮监视志愿者及时反馈海域赤潮发生信息。
五、赤潮预警及处置
我市海洋赤潮实行三个级别预警及处置：
（一）三级预警：在定期、定点监测和志愿者监视掌握反馈的赤潮数据、资料等信息的基础上，发现海水质量有异常变化时，市海洋行政主管部门随时掌握可能发生赤潮的情况，通知赤潮防治协调单位有关人员关注赤潮动向，通知养殖户做好防护准备工作。
（二）二级预警：当在厦门海域发生赤潮时，监测单位加大监测频率，监测参数选择最关键参数，主要有：水温、盐度、pH、溶解氧、赤潮密度与优势种、毒素等；海洋与渔业行政主管部门进入处置应急工作状态，快速掌握赤潮发生的具体海域、范围、赤潮生物优势种类数量，快速向市政府和上级海洋行政主管部门报告赤潮发生情况和根据有关规定发布赤潮信息，组织有关人员深入养殖区协助养殖户做好防治工作；赤潮防治协调小组成员单位指定人员加强值班。
（三）一级预警：一旦发现有毒赤潮，监测单位立即开展对赤潮范围、强度、毒性的跟踪监测；赤潮防治技术研究小组及时鉴定和判别赤潮生物优势种，分析赤潮漂移路径、消长趋势，提出防治对策；海洋与渔业行政主管部门迅速向市政府和上级海洋行政主管部门报告，并向各区政府和有关单位以及养殖户发出通报，并快速采取各种技术手段和防治措施，组织对有毒赤潮的处理：通知海上养殖户采取控制饵料量、增加充氧设备、禁止抽用被赤潮污染的海水、转移网箱和提前收捕以及禁止捕捞赤潮发生海区海产品等措施积极救治；组织对赤潮污染致死的鱼、贝类的及时打捞，并妥善处理；加大对水产品质量的检测力度。其他部门根据各自职能职责，做好以下工作：
气象部门：做好气象预报，在有赤潮发生迹象时，及时向海洋行政主管部门和监测单位提供天气变化趋势分析。
