环境保护专项资金按照预算资金管理，不参与体制分成，全部专项用于污染防治，要专款专用，先收后用，量入为出，不得超支、截留、挤占或者挪作他用，如有节余，可以结转下年使用。环境保护专项资金主要用于重点污染源防治的贷款贴息和区域性污染防治及污染防治新技术、新工艺的开发、示范和应用等其他污染防治项目的补助。
各地缴入省级环境保护专项资金部分，原则上用于全省范围的重点污染源和区域污染防治，污染防治新技术、新工艺的开发、示范和应用，重点清洁生产项目推广及其他污染防治项目的补助或贷款贴息。各县（市）缴入地（州、市）级环境保护专项资金部分，原则上用于本地（州、市）重点污染源防治的贷款贴息或补助。各县（市）缴入县级环境保护专项资金部分，原则上用于本县（市）范围内的重点污染源防治的贷款贴息或补助。
申请使用环境保护专项资金应以项目形式申报，同一污染防治项目不得多级申请。环境保护专项资金的申报程序、申报要求、项目评审、预算下达、资金拨付以及资金使用参照《
排污费资金收缴使用管理办法》第
十五条、第
十六条、第
十八条、第
十九条执行。
省财政厅、省环保局每年根据国家环境保护专项资金申请指南、全省环境保护宏观政策和污染防治工作重点，编制下一年度环境保护专项资金申请指南。各级财政、环保部门可以根据省财政厅、省环保局编制的环境保护专项资金申请指南，制定本地区环境保护专项资金申请指南，指导环境保护专项资金的申报和使用。
七、关于排污费收缴情况的上报问题
各级财政、环保部门要认真做好排污费财务报表、会计报表以及其他统计报表。各地、州、市财政、环保部门应在季度终后20日内，将排污费资金收缴情况书面报告省财政厅、省环保局，在年度终后20日内，将排污费征收情况及环境保护专项资金年度使用情况报告同级人民政府和省财政厅、省环保局。
从《条例》实施之日起，省有关部门原制定的征收使用排污费的有关规定同时废止。各地在贯彻、执行《条例》过程中的有关问题，请及时向省计委、经贸委、财政厅、环保局、人行昆明中心支行反映。
