通过阶段性整治，到2003年底基本达到如下目标：
1.摧毁假劣药品、医疗器械的生产、销售窝点和销售网络，使制假售假、无证生产经营的违法犯活动得到严厉打击。
2.药品购销渠道进一步规范，供应网络更加健全完善，农村牧区用药状况得到改善。
3.药品生产、经营企业依法从事生产经营活动，药品生产经营质量管理规范认证取得显著成果，旗县所在地以上城镇零售药店普遍推行药品分类管理。
4.基本建立较为完善的药品研究、生产、经营、使用单位信用体系的框架和运行机制。
(三)主要措施
1.深入开展联合打击制售假劣药品医疗器械专项行动
按照国家药品监督管理局、公安部《打击生产销售假劣药品医疗器械违法犯罪专项活动方案》的要求，严厉打击制售假劣药品、医疗器械的各类违法犯罪行为，以取缔、捣毁假劣药品、医疗器械制售窝点和网络为重点，依法严惩参与制售假劣药品、医疗器械的违法犯罪分子，以及为制售假劣药品、医疗器械提供资金、机械、印刷、包装、运输、加工、仓储、邮寄等便利条件的违法单位和个人，深挖、处理一批制假售假的后台和保护伞，坚决铲除制售假劣药品、医疗器械违法犯罪的根源。进一步加强卫生、工商行政管理、物价、质量技术监督、公安等部门的联合执法工作，并建立、完善部门间的长效协作机制，促进药品、医疗器械生产经营秩序进一步好转，保证人民群众用药安全。
2.加强农村牧区药品监督网络和供应网络建设工作
充分发挥群众监督作用，建立县、乡、村三级监督网络，将监督触角深入农村牧区，及时掌握动态，填补空白。使游医药贩、制售假劣违法分子无容身之地。在打击的同时，一定要把农村牧区药品供应网络建设好，鼓励药品零售连锁企业向农村牧区发展，放宽农村牧区零售药店审批条件，允许有医学、药学知识的人员在苏木乡镇和嘎查村开办药品供应网点，规范和培育农村牧区药品市场。鼓励有实力的企业在旗县建立销售网络，允许药品零售连锁企业设在旗县所在地以下的门店，为单体零售药店、个体诊所、乡村卫生室等涉药机构配送药品。
3.加强实施《
药品生产质量管理规范》和《
药品经营质量管理规范》监督工作
按照国家、自治区对药品生产经营企业实施《药品生产质量管理规范》(GMP)和《
药品经营质量管理规范》(GSP)认证规划及时限要求，抓好企业人员培训、软硬件建设、认证初审、组织现场检查等工作，监督企业严格按照要求组织生产经营，确保生产经营行为合法规范，生产经营药品质量合格安全。对逾期达不到标准的药品经营企业，按照有关规定给予行政处罚，直至取消药品经营资格。积极推行《中药材生产质量管理规范》(GAP)和中药材产业化经营，提高地产药材质量和种植养殖水平。
