在水生生物繁殖区域和洄游线路，禁止进行围垦、建坝等破坏水生生物繁殖环境和阻挡洄游线路的活动。
第十六条 （引进外来物种的控制）
保护区禁止引进外来动物和草本植物。
为保护区生态建设需要引进外来木本植物的，应当由九段沙管理署提出，经市自然保护区评审委员会评审通过后方可引进。
第十七条 （封区措施）
在保护区生态环境遭到严重损害或者为了保护珍稀动植物的需要，经新区政府批准，九段沙管理署可以对保护区内的部分区域采取封区措施。对封锁的区域，除科研人员和必需进入的相关管理人员外，禁止任何其他人员进入。
采取封区措施的，九段沙管理署应当对外公告封区的时间和范围，并报市环保局备案。
第十八条 （禁止行为）
在保护区范围内禁止下列行为：
（一）未经批准擅自进入保护区；
（二）破坏、损毁或者擅自移动保护区界标以及相关保护设施、设备；
（三）挖沙，擅自割青；
（四）捕捞、狩猎、采药、烧荒，但法律、行政法规另有规定的除外；
（五）其他损害生态环境和生态资源的活动。
第十九条 （非常状态下进入）
因防汛抗灾、海难救助、紧急避险等原因进入保护区的，应当遵守保护区的各项规定，并在相关情形消除后，立即退出保护区。
第二十条 （罚则）
违反本办法规定，有下列情形之一的，由九段沙管理署按照下列规定予以处罚：
（一）违反本办法第十一条规定，未经批准在保护区内进行教学科研活动的，责令其退出保护区，并可处以1000元以上5000元以下的罚款；
（二）违反本办法第十二条规定，未经批准在保护区内进行开发利用活动的，责令其停止开发利用活动，并处以3000元以上3万元以下的罚款；
（三）违反本办法第十四条规定，发生事故造成或者可能造成保护区环境污染，不采取相关补救措施或者不及时向有关部门报告的，可处以500元以上5000元以下的罚款；
（四）违反本办法第十六条，第十八条第一项、第三项、第四项、第五项规定，擅自进入保护区或者从事可能损害湿地生态环境和生态资源活动的，责令停止违法行为，没收违法所得，并可处以300元以上5000元以下的罚款；对保护区生态环境造成严重破坏的，责令限期恢复原状或者赔偿损失，并可处以1000元以上1万元以下的罚款；
