九段沙管理署应当根据市政府批准的保护区范围，在相应位置设置明显界标。
第六条 （管理原则）
保护区的保护和管理实行科学规划、分区控制、统一管理、合理利用的原则。
第七条 （资金来源）
保护区的保护资金来源包括：
（一）财政拨付的专项资金；
（二）国内外组织、企业和个人的捐赠；
（三）国家允许的其他方式筹集的资金。
第八条 （保护区规划）
新区政府应当根据保护区自然环境状况和湿地生态保护的需要，会同市环保局编制保护区生态建设和发展规划，报市政府批准后组织实施。经批准的保护区生态建设和发展规划，纳入本市和浦东新区国民经济和社会发展计划。
新区政府在编制保护区生态建设和发展规划过程中，应当采取适当的形式听取有关专家的意见，并组织进行环境影响评价。
第九条 （功能区域划分）
根据保护区生态发展特点，保护区划分为核心区、缓冲区和实验区三个功能区域。三个功能区域具体范围的确定和调整，由新区政府提出方案，经市自然保护区评审委员会评审后，报市政府批准。
九段沙管理署应当根据市政府批准的三个功能区域范围，在相应位置设置明显标志。
第十条 （核心区、缓冲区、实验区的行为限制）
在核心区内，除因科学研究需要，必须进入核心区从事科学研究观测、调查活动外，禁止开展任何其他活动。
在缓冲区内，除可以从事科学研究观测、调查、教学实习、标本采集等科研活动外，禁止开展任何开发利用活动。
在实验区内，除可以从事本条第一款、第二款允许的活动外，还可以进行参观考察、生态旅游、原有物种以及珍稀动植物养殖等相关活动。但禁止开展严重影响水动力环境和破坏生态资源的开发利用活动。
第十一条 （教学科研活动的管理）
在保护区内进行科学研究观测、调查、教学实习、标本采集等教学科研活动的，应当事先向九段沙管理署提交书面申请，书面申请应当包括下列内容：
（一）申请人的基本情况；
（二）预定活动的时间、内容、规模、人数、范围以及使用的设备等；
