当前和今后一个时期，全市中医药工作的主要任务是：
1、在完成南京市中医医院肛肠中心新大楼基建任务的基础上，进一步加强医院内涵建设，力争成为省首批开展基本现代化中医院创建的单位。通过创建，到“十五”期末，把市中医院建成以中医为主的现代化综合性中医院，成为代表南京市中医诊疗技术水平的医疗服务中心。
2、继续抓紧建设南京市中医药研究所。对疗效确切的老中医经验方进行发掘、整理、研究，加快研制开发中药新产品、新剂型，推广中医药科研成果，开拓中医科技服务渠道和技术市场，促进中药高科技产业发展。
3、南京市中西医结合医院完成门诊楼的翻建，加强中西医结合的临床研究，提高中西医结合治疗单病种的疗效，到“十五”期末有5个单病种的诊治水平达到省内领先。
4、进一步加强区、县中医机构建设。现有县(区)级中医院在全面完成“十五”中医机构建设规划的基础上，2－3所达到二级甲等中医院的建设标准；各区级中医机构到“十五”期末各自形成1－2个中医特色优势明显的专科，同时全面开展社区卫生服务工作。
5、鼓励有条件的区、县以上医疗机构按《
药品管理法》的有关规定建设中药制剂室，加强对院内疗效确切、优势明显的中医药方剂的研发工作。
6、“十五”期末，全市建成15个功能完善、中医优势明显的社区卫生服务站；80%的社区卫生服务站配有能中会西的全科医生1－2名，并将中医药技术融入“六位一体”的社区卫生服务中。
7、继续加强综合专科医院中医科的建设，区、县级以上综合、专科医院均设立中医科，诊疗工作量达到全院医生人均工作量水平值，有条件的要积极争创省、市级中医重点专科。
8、力争再有1－2个县（区）达到省级农村中医工作先进县（区）的水平；全市95%的镇（街道）卫生院有中医科，95%的乡村医生能用中西两法防治疾病。
9、评选15名左右省、市级名中医、中西医结合专家及10－15名乡村优秀中医；继承老中医药专家学术经验，完成15－20名青年中医跟师学习任务；培养20名左右中西医结合双学位人才；60%的中医执业医师达到本科以上学历；各级各类中医药人员的继续教育覆盖率100%；分期分批对中医机构80%的管理干部进行培训。
10、抓好市中医院肛肠科、多发性脑梗塞及中西医结合医院肺外结核国家级重点专科（病）建设单位的各项计划的落实，为2006年的全国验收打下坚实基础；对现有的南京市中医院骨伤科、针灸科、市中西医结合医院瘰疬科三个省级中医重点临床专科抓好二期建设；继续抓紧秦淮区中医院妇科等8个市级重点专科的内涵建设，力争再有3－4个专科分别通过省级和市级重点专科建设的验收。
