在沿江开发过程中必须坚持可持续发展的原则，坚持开发与保护并重，加强生态保护、污染防治、环境建设和管理的力度，实现经济、社会和环境的协调发展，努力将我市沿江地区建成可持续发展示范区。
一、水环境治理
加强对长江水资源和水环境的整体保护，工业污水全部实现高标准达标排放，建立较为完善的城市污水处理系统，减少对长江的水体污染，确保长江水质常年达到国家二类以上标准，秦淮河等城市河流水质得到明显改善。
加快水污染治理工程建设，推进污水集中治理，提高城市污水处理率和处理等级。重点建成4个二级以上污水处理系统：江心洲污水处理厂规模扩至64万吨/日，方家营污水处理厂30万吨/日，杨庄污水处理厂20万吨/日，仙林污水处理厂20万吨/日（一期5万吨/日），使城市污水处理能力达到134万吨/日以上。到2010年，全市的城市生活污水处理率达到80%以上。
加大沿江重点污染源的控制力度，调整和合并工业污水排放口，严格控制新增排污口，从严控制水污染物的排放。保护长江饮用水源地，严格执行饮用水水源保护区污染防治管理的有关规定，确保水源安全。
二、工业污染防治
重视污染防治，优化产业布局。通过对各类工业园区的环境容量、建设规模、污染控制措施进行综合评价，科学界定工业园区的规模和发展方向。污染型重化工企业根据污染类型相对集中，减少污染源，方便污染物集中处理。水污染严重的工业安排在城市和水源地的下游，空气污染严重的工业尽量安排在城市的下风向。
遵循循环经济模式，鼓励发展无污染或轻污染、高附加值的产业，在保持经济快速增长的同时，实现污染总量的零增长甚至负增长。严格执行环境影响评价和“三同时”制度，加强污染物总量控制和污染治理力度，以高新技术改造化工、冶金等传统产业，推行清洁生产技术，推进ISO14000环境管理系列标准的认证。严格控制二氧化硫等大气污染物排放，抓住国家“西气东输”的机遇，调整能源结构，在生产、生活、交通等领域全面推广清洁能源，使城市环境空气质量在国家二级以上的天数达到80%以上。加强环境监控，建立政府、企业、公众等多层面共同参与和推进的环境监管体系，提高环境预警预报能力。
三、生态环境建设
加强生态建设，加大对长江沿岸的湿地、植被、生态景观及稀有物种的保护力度，创造适宜人和动植物生存的良好生态环境。
建设“绿色沿江”，实施5大工程：
（1）沿江防护林工程。在长江两岸宜林江滩、洲地，营造50～200米宽的防护林带，总面积10万亩。
（2）建设3个沿江生态标志性工程。上游以新生洲、新济洲防护林工程为基础，建设规模2－3万亩的湿地保护区；中游在长江三桥连接线板桥地区规划建设1万亩以上的人居森林；下游在龙潭港以东营造1－2万亩的大规模林带。
（3）沿江生态旅游工程。建设江心洲和八卦洲生态公园。
（4）主城滨江大道及沿江景观工程。结合河西开发，从二桥至三桥，建设宽50－100米的滨江景观带；做好沿江狮子山、幕府山、乌龙山、老山等自然山体的保护、抚育工作，形成丰富独特的沿江自然景观。
（5）城市防护林体系建设。规划建设江北生态防护林带、沿江化工区防污隔离林带等城市防护体系。
第七章 规划实施保障
沿江开发投入大，标准高，必须创新开发理念，充分发挥政府和市场两方面的力量，建立符合社会主义市场经济要求的规划实施保障机制，确保规划目标顺利实现。
一、组织保障
强化沿江开发的组织和协调，市委、市政府成立沿江开发协调小组，协调和解决沿江开发中的重大问题，统筹考虑沿江经济带的建设；协调小组下设办公室，由市发展计划委员会承担办公室的具体工作。各有关部门和区县要把沿江开发摆上突出位置，增强全局观念、系统观念，形成沿江开发的合力。建立沿江开发目标责任制，将沿江开发各项目标和任务分解落实有关部门和区县，建立考核机制，定期进行考核、评比和表彰，以促进目标任务的完成。
二、规划保障
沿江开发是事关南京当前和长远发展的全局性、战略性举措，必须坚持规划先行，避免无序开发。在全市沿江开发总体规划的基础上，深入研究产业布局、基础设施、岸线利用、港口经济、环境保护、土地利用等沿江开发的重点内容，按照“落实、细化、实施”的原则，编制沿江开发详细规划。沿江各区和开发区组织编制各辖区的分区规划或详细规划。五大产业办公室牵头制定产业布局规划，积极引导五大产业加快集聚。各规划要努力做到上下衔接、左右衔接、总体专项衔接。
