申报材料分正文和附件两部分，正文为申请经费的正式文件，附件为每个项目的可行性研究报告。
项目可行性研究报告内容包括：项目的目的、技术路线、工艺流程、投资概算、申请补助金额及使用方向、项目实施的保障措施、预期的经济效益、社会效益、环境效益等。
申请使用贷款贴息的单位，还应当提供银行出具的专项贷款合同和利息结算清单。
申请使用中央环境保护专项资金的单位，按财政部、国家环保总局《
排污费资金收缴使用管理办法》的规定执行。
(三)省环保局对申报中央及省级环境保护专项资金项目进行初步审查后，与省财政厅共同组织有关专家进行评审，统一纳入省级环境保护项目库管理。按照项目的轻重缓急和专项资金额度，由省财政厅和省环保局联合下达项目预算。申请中央环境保护专项资金的项目，由省财政厅和省环保局联合向国务院财政、环境保护行政主管部门提出申请。
(四)市州环境保护专项资金的申报、审批，参照省级环境保护专项资金申报、审批程序执行。
(五)各市州财政、环境保护行政主管部门须在每季和年度终了15日内，将本辖区内环境保护专项资金管理使用情况分别上报省财政厅和省环保局。
(六)《排污费征收管理条例》实施后，各级财政部门对排污费的征收使用，严格实行“收支两条线”管理。各级财政部门应当根据财力状况和环保机构的工作需要，将人员经费、公用经费、监督执法经费、仪器设备购置经费以及基础设施经费等纳入同级财政预算予以保障。具体办法由省财政厅和省环保局根据国家有关规定另行制定。
三、排污费资金的监督管理
(一)按照《
排污费征收使用管理条例》规定：排污者在规定的期限内未足额缴纳排污费的，由环境保护部门责令限期缴纳，并从滞纳之日起加收2%的滞纳金。排污者拒不缴纳排污费和滞纳金的，处以缴纳排污费数额1倍以上3倍以下的罚款，并报经有批准权的人民政府批准，责令停产、停业整顿。
排污者以欺骗手段骗取减缴、免缴排污费的，由县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门责令限期补缴，并处所骗取批准减缴、免缴排污费数额1倍以上3倍以下罚款。
(二)各级环境保护部门要依法及时足额收缴。各级财政部门、价格主管部门，要按各自职责加强监督，对擅自设立项目、提高标准或扩大收费范围的，要及时责令改正，并按照《
国务院关于违反财政法规处罚的暂行规定》(国发〔1987〕58号)予以处罚，对负有直接责任的主管人员和其他直接责任人按有关规定给予行政处分。
