深化“收支两条线”改革需要做好三个方面的工作：一是要将各部门的非税收入(即政府性基金、行政事业性收费、罚没收入、其他财政性资金等)全部通过财政实行集中管理，任何部门不得“坐收”、“坐支”。二是推行部门预算，规范支出管理。部门预算要全面反映预算内外资金收支状况。尚未实行部门预算的，要编制财政综合预算，提高各部门支出的透明度。三是切实贯彻《
浙江省预算外资金管理条例》，修订、完善配套制度和办法，使“收支两条线”管理工作法制化、制度化、规范化。
(一)对省级部门区分不同情况，分别采取将预算外资金纳入预算管理或实行收支脱钩管理等办法。
1.抓好基础工作，继续清理整顿现行收费，归并票据种类。认真贯彻落实省重新审核公布的保留、取消和转经营服务性管理的行政事业性收费的有关规定，并适应我国加入世贸组织的形势和深化审批制度改革的要求，进一步清理整顿现有收费，取消不合法、不合理的收费项目；将部分不体现政府行为的行政事业性收费转为经营服务性收费并依法征税；对保留的收费项目重新编码，在此基础上完善全省收费管理档案。同时，根据预算外资金收入收缴制度改革的要求对现行收费票据种类作出新的规定。
2.将省公安厅、省法院、省工商局、省环保局、省计生委等5个单位和部门按规定收取的行政事业性收费和其他预算外收入(不含所属院校的收费，下同；见附件1)全部纳入预算，全额上缴省国库；其支出由省财政按该部门履行职能的需要核定。
3.对省级已经实行部门预算的单位(收费项目见附件2)实行收支脱钩管理。其未纳入预算管理的行政事业性收费和其他预算外收入缴入财政专户，由省财政统筹安排单位年度支出。
4.对省级尚未实行部门预算单位实行综合财政预算。其未纳入预算管理的行政事业性收费和其他预算外收入缴入财政专户，由省财政统筹安排单位年度支出。
5.对省级应纳入预算管理的行政事业性收费和政府性基金，先缴入省财政专户，待票据结报后再按月集中划转省国库。
(二)按照国务院以及省政府的有关要求，各行政事业单位要加强预算编制管理，认真编制部门预算、单位预算以及政府采购预算。
省级预算编制工作要按照“小步快走，从粗到细，稳步发展，优质高效”的原则，稳中求进，逐步建立起“规范、科学、公平、透明”的部门预算。今后预算编制改革的重点，一是根据国办发〔2001〕93号文件的要求继续扩大部门预算编制范围；二是部门预算采用“两上两下”预算编制程序，进一步强化部门、财政共同理财意识；三是按照《
浙江省省级政府采购预算管理办法(试行)》(浙财预字〔2002〕19号)和《浙江省省级部门项目支出预算管理暂行办法》(浙财预字〔2002〕17号)的规定，进一步规范政府采购预算编制和强化项目支出预算管理，提高资金使用效益。
