省、市人民政府在卫生行政部门设立常设的突发公共卫生事件应急处理指挥中心，对本行政区域内医疗卫生资源实施统一调度，组织实施预防控制和医疗救治措施。
（四）部门职责
卫生部门：负责非典疫情的监测、分析、报告和预警；提出预警和启动应急预案的建议；依法发布非典疫情信息；制定控制措施和医疗救治方案；组织协调医疗卫生机构开展流行病学调查、预防控制、医疗救治和实验室检测工作；对医疗机构内废物收集、运送、处置进行管理；开展健康教育、技术人员培训和非典疫情应急处理的演练；提出非典防治所需医疗物资和经费使用计划，储备应急医疗物资。
财政部门：负责制定经费保障方案及相关政策，保证非典疫情应急处理所需经费；对特困患者诊疗费用给予补助；对贫困地区应急处理工作给予支持。
计划部门：负责将公共卫生基础设施建设列入国民经济发展计划；负责省、市级急救中心、传染病医院（病区），县级医疗机构传染病科，政府举办的非营利性医疗机构发热门诊，乡（镇）卫生院、社区卫生服务中心隔离病区（室）等建设项目的批准立项。
公安部门：负责加强本行政区域内暂住人口和流动人口管理；协助卫生部门及时做好疫点、疫区现场隔离、封锁的治安管理工作；负责交通疏导，保障疫情处理车辆、人员迅速抵达疫区；对需要采取隔离治疗的非典患者、疑似病例和需要进行医学观察的密切接触者中不予配合的，依法采取强制措施；对擅自逃离的非典患者、疑似病例和密切接触者予以追查。
经贸部门：负责对非典防治所需药品、医疗设备、防护物资的生产、供应和调拨。
药监部门：负责对非典防治所需药品、医疗器械以及医药市场的监督管理。
科技部门：负责组织大专院校、科研机构、疾病预防控制机构和医疗机构对非典病因、诊断判别、治疗药物、预防药物的科学研究；组织开展科研合作与交流。
工商、物价和质监部门：负责对防治非典相关产品的生产、销售和价格监管工作；对趁机制售假冒伪劣产品，囤积居奇、哄抬物价、行骗牟利的行为依法严肃查处。
民政部门：负责制定低收入人群及进城民工医疗救助政策；接收和管理社会团体、个人捐助用于疫情应急处理的经费、物资；及时消毒火化非典死亡患者的尸体，并对殡仪馆人员进行培训；及时对因患病致贫的城乡居民给予社会救济。
环保部门：负责对医疗废物收集、运送、处理等环境污染防治工作统一监督管理。
铁路、交通、民航和出入境检验检疫部门：负责对乘客进行检疫，防止非典的传入和传出；对来往疫区的交通工具内舱进行消毒处理；设置留验站，对在检疫中发现的体温在38℃以上的发热病人或疑似病例，立即采取临时隔离和预防控制措施，并向当地卫生行政部门和疾病预防控制机构报告。
人事部门：负责制定非典防治队伍和参与应急处理人员的激励政策。
