财政直接支付和财政授权支付的结算，主要实行转账方式，也可以采取“国库支票”支付。预算单位需要现金支付时，按有关规定从预算单位零余额账户提取现金。
上述财政直接支付和财政授权支付流程，以现代化银行支付系统和财政国库管理操作系统为基础。在这些系统尚未建立和完善前，财政国库支付执行机构或预算单位的支付令通过人工操作转到代理银行，代理银行通过银行清算系统向收款人付款，并在每日轧账前，与国库单一账户、预算外资金财政专户进行清算。
四、财政国库管理制度改革的配套措施
建立国库单一账户体系为基础、资金缴拨以国库集中收付为主要形式的财政国库管理制度，是对财政资金的账户设置和收支缴拨方式的根本性变革，是一项十分庞大和复杂的系统工程。这项改革的实施，不仅涉及到改变传统的管理方式、改革现行预算编制方法和修订一系列相关法规制度，而且需要建立健全银行清算系统、财政管理信息系统、财政国库收付执行机构等。因此，必须制定配套改革措施，扎实做好制度性和操作性的基础工作，保证改革顺利进行。
(一)深化预算编制改革。全面推行部门预算制度，积极编制综合财政预算和政府采购预算，进一步细化预算编制，使所有财政性资金的收付建立在明晰的预算基础上，为顺利实施国库单一账户制度创造条件。
(二)制定配套管理办法。制定《国库收入管理办法》、《收入退库管理办法》、《非税收入收缴管理办法》、《财政资金支付管理办法》、《财政资金支付银行清算办法》、《财政资金支付会计核算办法》和《政府采购资金直接支付管理办法》等，为改革的顺利实施提供制度保障。
(三)建立财政管理信息系统。主要包括：建立预算编制系统和预算执行管理系统，保证预算资金的拨付符合预算安排和支出进度要求；建立财政收入管理系统，监控税收和非税收入征收入库情况；建立国库现金管理系统，及时反映国库收支和平衡状况；建立国库收支总分类账系统，做到所有收支账目在一个系统中反映。
(四)建立健全现代化银行支付系统。改变目前电子化银行清算系统尚不完善的状况，逐步建立健全现代化支付系统，加快财政资金拨付的到账时间，提高国库单一账户清算业务的效率。
(五)建立财政国库收付执行机构。按照政事分开的原则，在财政内部设立财政国库收付执行机构，具体办理国库集中收付业务，并进行相关的会计核算和监督检查等工作。同时，中国人民银行国库部门要根据需要适当充实人员。
(六)加强监督制约机制。财政部门要建立预算单位分月用款计划制度，加强对财政资金使用的监督；建立健全财政国库收付执行机构的内部监督制约制度，定期对财政国库支付执行机构的相关业务进行内部审计。中国人民银行国库部门要履行中央银行对商业银行的监管职责，加强对代理财政收付业务的商业银行的资信、资金清算业务的监督。审计部门要结合财政国库管理制度的建立，进一步加强对预算执行情况的年度审计检查，促进政府部门和其他预算执行部门依法履行职责。通过建立和完善科学合理的监督制约机制，确保财政资金安全运行。
