(一)清产核资。各级财政部门要会同计划、经贸、税务、供销社、农发行等有关部门，清查、核实棉花企业资产、负债、所有者权益总量及构成，清理债权、债务。清产核资工作原则上按《国务院办公厅关于在城镇集体企业、单位
开展清产核资工作的通知》(国办发[1996]29号)和财政部、
国家经贸委、税务总局《关于印发＜城镇集体所有制企业、单位清产核资暂行办法＞的通知》(财清字[1996]11号)的有关规定执行。有关财务处理问题参照税务总局、财政部、国家经贸委《关于印发＜城镇集体所有制企业、单位清产核资财务处理暂行办法＞的通知》(国税发[1996]232号)以及
国家税务总局《关于城镇集体企业单位清产核资若干税收财务处理规定的通知》(国税发[1998]55号)执行。清产核资的基准日为2001年12月31日，但为更好地掌握棉花企业的财务状况，应延伸估定棉花企业2002年12月31日的资产、负债和所有者权益情况。对1999年9月1日以前的资产、负债数额，以国务院有关部门共同清理核查的截止日期1999年8月31日的财务数据为依据；对1999年9月1日至2002年12月31日的资产、负债情况，要进行全面的清产核资。对于国务院国发[2001]27号文件下发后进行过改制或权属发生重大变化的棉花企业，也必须进行清产核资，如债权、债务已合理确定，且没有逃废、悬空银行债务，则予以确认；不符合要求的，应重新确定债权、债务。
(二)产权界定。各级财政部门要会同计划；经贸、税务、供销社等有关部门在完成清产核资工作的基础上，按照“尊重历史、依法确认、宽严适度、有利监管”、“谁投资、谁所有、谁受益”的原则，对棉花企业进行产权界定。除国家法律、法规另有规定外，棉花企业产权界定原则上按照国家经贸委、
财政部、税务总局《关于印发＜城镇集体所有制企业、单位清产核资产权界定暂行办法＞的通知》(国经贸企[1996]895号)的有关规定执行。
(三)企业改革。各级计划部门要会同经贸委、供销社、农发行等部门，按照区别对待分类指导的原则，根据以下指导性意见，结合本地棉花企业的实际情况，提出棉花企业改革的具体意见，报同级人民政府批准后组织实施。
对净资产规模较大，资产质量较好，符合棉，花购销、加工条件的棉花企业，应按照《
公司法》的要求整体改制为有限责任公司或股份有限公司。要从真正实现社企分开的要求出发，通过股权转让等多种途径分散股权，避免一股独大。鼓励棉花企业通过相互参股，吸引社会法人和自然人入股，或是向社会法人和自然人转让股权，以实现股权多元化。条件成熟时，要通过改组、改造、联合、兼并等形式，组建棉花生产、收购、加工、贸易一体化的贸工农企业集团。年销售收入5亿元以上或实现利税2000万元以上或进入全国农业产业化重点龙头企业的，享受有关优惠政策。
