合作医疗基金主要对参加新型农村合作医疗农民的大额医疗费用进行补助。筹资标准较高的地方可实行大额费用支付与小额费用支付相结合，增强农民抗风险能力，兼顾农民受益面。对参加新型农村合作医疗、年内没有动用合作医疗资金的人员，有条件的地方可安排一次常规性体检，并为每位参保人员建立健康档案。县(市、区)政府新型农村合作医疗管理委员会要科学合理地确定农村合作医疗基金的支付范围、支付标准和额度，确定常规性体检的具体检查项目和方式，防止合作医疗基金超支或过多节余。经办机构要按照规定及时、就便进行结报补偿，不得拖欠、克扣应支付给受偿者的医疗补助费用。
切实加强对合作医疗基金的监督。县(市、区)政府应建立由相关部门和参加新型农村合作医疗农民代表组成的监督委员会，定期检查、监督合作医疗基金使用和管理情况。新型农村合作医疗管理委员会要定期向监督委员会和同级人民代表大会汇报工作，主动接受监督。经办机构要采取张榜公布等措施，每季度向社会公布合作医疗基金的具体收支使用情况，保证参加合作医疗农民的参与、知情和监督的权利。省财政、卫生等部门对地方政府资助资金到位情况要进行监督检查。县级审计部门每年要对经办机构的合作医疗基金收支、管理情况进行一次审计，并将结果报本级政府和上级财政、卫生、审计部门。省财政补助县(市、区)的审计部门要向省财政、卫生、审计部门提出合作医疗基金审计报告。
四、切实加强对农村医疗卫生服务的管理
各地要根据区域卫生规划，调整农村卫生机构规模、功能和布局，优化农村卫生资源配置，加强农村卫生服务体系建设，强化对农村医疗卫生服务机构的行业管理，不断提高医疗服务质量和水平，使农民得到较好的医疗服务。
合理确定新型农村合作医疗的服务范围和标准。省卫生厅、药品监督局等部门制定农村合作医疗药品目录、诊疗项目和医疗服务设施标准，各地制订相应的实施标准和办法。县级合作医疗管理委员会要择优选择新型农村合作医疗定点服务机构，并加强监管，实行动态管理，形成竞争机制。医疗卫生服务机构要完善并落实各种诊疗规范和管理制度，保证服务质量，提高服务效率，控制医疗费用。
五、进一步加强对农村合作医疗工作的组织领导
建立新型农村合作医疗制度涉及面广、政策性强，直接关系到广大农民的切身利益。各级政府要把这项工作摆上重要议事日程，加强组织领导，认真部署实施，确保认识到位、责任到位、措施到位、投入到位、督查到位。县(市、区)政府主要领导是第一责任人，分管领导是直接责任人。要层层分解目标任务，把建立新型农村合作医疗责任制的落实情况作为衡量干部政绩和选拔任用的重要内容，逐级进行责任考核，对工作做得好的给予奖励，对工作失职的追究责任。省财政、卫生等部门要尽快制定新型农村合作医疗基金管理办法，报省政府批准后下发施行。各地要抓紧制定本地新型农村合作医疗实施细则。各级卫生、财政、农业、审计、劳动和社会保障、药品监督等部门要通力协作，各负其责，把这项实事办好。
