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在建设市公共卫生中心的同时，加强对华山医院、瑞金医院、市六医院、曙光医院、新华医院、儿科医院等6所市级医院传染科的建设，政府给予必要的经费补助，2004年完成；加强这些医院的传染病学科建设，进一步提高学科水平。
2004年，由相关区县完成浦东新区传染病医院、闸北区市北医院、奉贤区古华医院、杨浦区安图医院、南汇区南华医院等5所区级传染病医院的改造和建设；黄浦区政府通过资源盘整，规划改建黄浦区传染病医院。市财政给予适当补助。
各区县政府负责完成1家指定医院隔离留观室的建设，平时作为普通病房使用，传染病爆发流行时则作为专用隔离病房。
2003年－2004年，全市综合性医疗机构分批建成相对独立的传染病专用门诊，包括发热门诊、肠道门诊和肝炎门诊。
区县中心以上综合性医院分批完成急诊科建设；以三级综合性医院为依托，建成2个心脏急救中心、1个脑外急救中心、1个烧伤急救中心、2个急性创伤急救中心。
市急救中心增配一批监护型救护车和普通型救护车。
2005年，郊区区县急救站增配一批普通型救护车。
结合立体救治项目建设，建成华山或瑞金医院直升机停机坪，直升机可与社会资源共享。
（三）三大工程
1、卫生信息工程
2003年－2004年第二季度，按照“分级管理，资源共享”的原则，建成覆盖全市卫生系统的公共卫生网络信息平台和市、区县二级网络，保留与外部机构通信及数据交换接口，实现信息的资源共享。其中，市卫生局信息中心负责建设连接市卫生局、市CDC和卫生监督所和市级医疗机构专用网络，区县卫生局负责建设连接区县相应单位的专用网络。
由市卫生局信息中心牵头，会同相关部门和各区县在充分利用已有资源和信息化建设成果的基础上，建成相互关联、资源共享的人口信息、卫生资源、医疗服务、疾病监测、卫生监督、医学情报等六大数据库。
市卫生局信息中心负责建立指挥决策系统、监测预警系统、突发事件报告系统、应急处置系统、资源保障系统、专家咨询系统、公众交流系统等七大应用系统。
2004年第三季度－2005年第二季度，完善突发公共卫生事件应急信息支持系统的有关功能，并开展推广工作。
2、人才建设工程
培养和引进30名左右预防医学学科带头人，其中若干名学科带头人在国内形成较大影响力；逐步培养100名左右优秀中青年重点人才。
建立一支200－300人左右规模的，由市CDC、市卫生监督所以及本市三级综合性医院各有关学科业务骨干组成的市级突发公共卫生事件应急处理队伍；各区县相应建立一支应急队伍。这些人员平时在各自岗位上从事专业技术工作，定期进行应急知识、技能培训和应急演练；发生突发公共卫生事件后，能够按统一指挥，迅速组织开赴现场，及时开展救治和流行病学调查工作。
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