各级传染病医疗机构建设的运作管理由市和区县（自治县、市）政府分级负责，各自承担职责范围内的传染病医疗机构建设责任。各级政府和市政府有关部门要多渠道筹集建设资金，保障必要的基础设施建设、设备配置等方面的经费投入，认真落实传染病医疗机构持续发展的运转费用。传染病医疗机构的基础设施工程建设（包括征地，医疗废物、废气和污水处理等环保工程）以当地政府投入为主，上级政府给予适当补助。
（二）整合资源、合理布局
各级政府要将传染病医疗机构纳入区域卫生规划和城镇发展规划，根据本地区传染病防治工作的实际情况，结合农村医疗卫生机构调整，在充分调研、科学论证的基础上，整合卫生资源，科学规划、合理布局各级传染病医疗机构，合理确定建设规模、人员和设备配置，严禁盲目设置、重复建设和浪费医疗卫生资源。
第二级、第三级传染病医疗机构是所依托的综合医院的下属机构，在建制、财务核算及运行管理上不分家。
（三）统筹兼顾、“平战结合”
各级政府在规划建设传染病医疗机构中，既要考虑非典防治等应急需要，也要兼顾其他传染性疾病防治工作的需要，兼顾食物中毒、职业中毒等公共卫生事件处置的需要，兼顾非传染病流行时期充分利用卫生资源的需要。不仅要重视城市传染病医疗机构建设，更要重视农村传染病医疗机构的建设。
（四）科学建设、分步实施
各级传染病医疗机构建设要符合控制院内感染和隔离工作的要求，要严格落实环境保护措施，环保设施要与传染病医疗机构建设同时规划、同时建设、同时投入使用。各级传染病医疗机构建设应根据国家和我市的总体规划及资金投入情况、该体系布点需要及项目前期工作进展情况，分期分批实施。2003年启动市级传染病医疗中心和区域性传染病医院（科）建设，规划县级传染病科（区）和中心卫生院传染病诊室建设；2004年建设县级传染病科（区）和中心卫生院传染病诊室。
三、组织机构
市政府成立以卫生、计划、财政、规划、建设、环保、国土房管、药监、科技、消防等部门为成员单位的市传染病医疗救治体系建设领导小组，负责统一指挥、协调、监督、检查市政府有关部门和各区县（自治县、市）传染病医疗救治体系建设工作。领导小组下设办公室，并挂靠在市卫生局。各区县（自治县、市）政府也要设立相应的领导小组和办公室。
四、建设时间及程序
