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省公安厅：协助卫生及有关部门及时隔离控制可疑区域，做好疫点、疫区现场隔离控制的治安管理工作；搞好交通疏导，保障疫情处理车辆、人员迅速抵达疫区；对不予配合的隔离治疗病人、密切接触者、留验观察人员，依法采取强制隔离措施。会同有关部门依法查处利用传染性非典型肺炎造谣惑众、制假贩假、哄抬物价等严重扰乱市场经济秩序的违法犯罪行为。
省财政厅：划拨专款，落实各项应急物资准备、疫情应急处置、病人隔离治疗、密切接触者留验观察期间诊疗等所需费用。
省委宣传部：指导新闻单位准确、及时发布全省疫情信息、预防控制措施和成效，为媒体提供传染性非典型肺炎防治的相关信息，协助做好群众防病知识宣传，提高群众自我防范意识和能力。
省交通厅、成都铁路局、民航西南管理局、四川航空公司、国航西南公司、成都双流国际机场：督促并协助各级政府在长途汽车客运站中转站、市州级及以上的城市所在地火车站、主要码头、机场设立预防传染性非典型肺炎检疫交通留验站。督促运输单位或所属单位落实各项预防措施，发现有可疑症状的旅客及时按规定向卫生等有关部门报告；必要时协助疏散旅客、优先安排运送“防非”救援物资。
省教育厅：负责指导学校、托幼机构做好健康教育和预防工作；协助地方政府督查学校内的各项疫情控制措施；按临时紧急控制措施的相关要求，落实学校停课、停学等措施。
省民政厅：做好城乡困难群众防治传染性非典型肺炎的医疗救助工作；负责对流浪乞讨人员的管理和医疗救助工作；负责传染性非典型肺炎患者死亡遗体的火化；做好防治传染性非典型肺炎社会捐助工作。
省农业厅、省委农办：加强调查研究，提出防止传染性非典型肺炎向农村扩散的对策和措施，并贯彻落实农村防治传染性非典型肺炎的有关政策规定；配合有关部门及时对农村传染性非典型肺炎患者和疑似患者采取救治措施；协助地方政府加强对农村广大农民开展防治传染性非典型肺炎知识的宣传教育和普及工作；配合地方政府做好外出务工人员的生产助耕活动和对从疫情流行区返乡的务工人员实施疫情监测，并组织实施农村传染性非典型肺炎防治的督查工作。
省劳动保障厅：督促用人单位落实传染性非典型肺炎病人治疗期、疑似非典型肺炎病人及密切接触者隔离观察期间的工资待遇。
省科技厅：制定防治传染性非典型肺炎技术研究方案及相关政策；组织科研力量成立科技攻关组，进行防治传染性非典型肺炎科技攻关；统一协调防治传染性非典型肺炎科研中涉及的有关问题；组织有关专家开展防治传染性非典型肺炎应急咨询和国际交流与合作。
省经贸委：及时提供救援防护设施和用品，做好应急药物、器械的供应和储备。
省计生委：与卫生部门共同做好农村及社区防病宣传、培训工作，做好外地返乡人员的医学观察和疫情监测工作。
省药品监督管理局：负责药品、医疗器械、诊断试剂的研制、生产、经营使用的监督管理；查处制售假劣药品、医疗器械、诊断试剂的违法行为；列入国家防治传染性非典型肺炎药品医疗器械、诊断试剂目录品种，进入快速审批通道，加快审批或转报；负责医疗机构防治传染性非典型肺炎制剂品种配制及省内调剂使用的审批和医疗机构自行研究医疗器械（Ⅰ、Ⅱ类产品）的审批。
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