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指挥部负责领导全区重大动物疫病预防和控制工作，决策有关重大事项。办公室为指挥部办事机构，负责指挥部的日常工作，按照指挥部决策，统一指挥紧急疫情的控制工作；收集分析疫情及发展态势，及时提出启动、终止以及有关本预案的建议，组织、协调有关部门、地区落实本预案，并监督实施。
(二)部门职责
1．农牧部门：调集动物防疫和防疫监督有关人员开展疫情控制工作，做好疫情的监测、预报，开展流行病学调查，迅速对疫情作出全面评估，诊断疫病，划定疫点、疫区、受威胁区，提出封锁建议，并参与组织实施；参与组织对疫点内病畜及同群畜的扑杀及病死畜和污染畜产品的无害化处理工作；组织对疫区、受威胁区易感动物实施紧急免疫接种：监督、指挥对疫点、疫区内污染物进行无害化处理，并对场所实施消毒；按照农业部动物疫情报告制度的要求，及时、准确的报告疫情，并根据权限向相邻地区的防治重大动物疫病指挥部通报本地区的疫情情况；对疫区、受威胁区内易感动物及其产品生产、贮藏、运输、销售等活动进行检疫和监督管理；建立紧急防疫物资储备库，储备疫苗、药品、诊断试剂、器械、防护用品、交通及通讯工具等；评估疫情处理及补贴所需资金，安排资金使用计划，调动疫情处理预备队；组织对疫点、疫区及周围群众的宣传工作。
2．计划发展部门：负责动物防疫基础设施建设的规划、计划；安排紧急防疫物资储备、调运等基础设施建设的计划安排。
3．财政部门：负责安排紧急防疫储备金和紧急防疫物资储备所需资金，加强防治经费的管理和监督。
4．民政部门：负责疫区受灾群众的安抚和救济工作。
5．交通、铁路、民航等部门：负责优先运送控制疫情人员、物资、药品和器械，配合动物防疫或动物防疫监督部门作好依法设立临时动物防疫监督检查站和对疫区的封锁工作。凭动物防疫部门出据的检疫合格证明承运动物及动物产品。
6．出入境检验检疫部门：负责出入境动物及其产品的检疫工作，并及时向当地指挥部办公室通报有关情况。
7．公安、武警部门：做好疫区封锁和发病及同群畜的强制扑杀及协助疫源调查；依法查处阻碍动物防疫和防疫监督人员履行公务的行为，做好疫区社会治安和安全保卫工作。
8．工商部门：根据对疫区封锁情况，加强对疫区内的动物及其产品交易市场的管理。打击违法经营、贩运动物及其产品的行为。配合农牧部门做好动物及其产品交易市场的防疫监督工作。
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