市卫生局：承担市爱卫会的日常工作；拟订全市重大疫情、公共卫生突发事件的处置预案，组织协调全市卫生技术力量参与防治；拟订爱国卫生工作计划，制订爱国卫生有关工作规范和标准；组织开展全民健康教育，普及卫生科学知识；负责群众性卫生创建、除“四害”及农村改水改厕工作的技术指导和检查监督；负责鼠、蟑、蚊、蝇等病媒生物密度和农村饮用水水质监测；负责病媒生物防治从业人员资格认定工作；依法监督传染病防治、食品卫生、公共场所卫生、病媒生物控制；负责直属医疗卫生单位爱国卫生工作。
　　市委宣传部：把爱国卫生工作作为社会主义精神文明建设的重要内容，纳入各类文明单位创建活动和公民思想道德建设范畴。
　　市建委：组织实施城乡卫生基础设施建设，重点抓好垃圾、粪便、污水无害化处理等公共设施建设；将爱国卫生纳入建筑行业文明施工考核内容，督促建筑工地做好爱国卫生工作。
　　市计委：把爱国卫生工作纳入国民经济与社会发展中长期规划和年度发展计划，做好爱国卫生工作与国民经济、社会发展计划的协调平衡。
　　市经委：组织协调城乡除害防病和环境治理所需消毒杀虫灭鼠药品的生产、供应工作；组织协调发生重大疫情、公共卫生突发事件时药品、医疗器械的生产、供应工作。
　　市旅委：负责导游人员的卫生知识培训，增强卫生意识，积极开展对游客的卫生宣传；将爱国卫生纳入饭店、景区(点)等级评定和管理内容。
　　杭州军分区：结合部队实际组织开展爱国卫生工作，提高广大官兵的卫生素质和健康水平；协调督促部队营区环境治理、消灭“四害”、改水改厕工作；积极支援地方爱国卫生工作，参加社会卫生综合整治活动。
　　市城管办：负责城市管理规划；负责对城市道路、河道保洁等工作的监督管理。
　　市城管执法局：负责市容环境卫生、城市规划、城市绿化、市政公用、环境保护(社会生活噪声污染和建筑施工噪声污染、城市饮食服务业排污行为)、工商行政(无证商贩)、公安交通(侵占道路行为)管理的行政处罚。
　　市环保局：组织实施对大气、水体、噪声、固体废物等污染防治的监督管理，预防、控制环境污染。
　　市房管局：负责国有土地城市房屋拆迁工地爱国卫生工作的监督管理；将爱国卫生工作纳入物业管理服务内容，督促住宅物业管理企业做好爱国卫生工作。
　　杭州西湖风景名胜区管委会(市园文局)：负责指导管理城区园林绿化工作；负责西湖水域的保洁工作；负责杭州西湖风景名胜区的爱国卫生工作。

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