各级、各部门收取的行政事业性收费和政府性基金以及其他纳入“收支两条线”管理的财政性资金缴入国库或财政专户后，财政部门要按照综合预算的要求统筹安排使用，并按照各项收费、基金的不同用途，实行分类管理，合理安排部门和单位支出，切实提高资金的使用效益。一是对纳入预算管理的行政性收费，逐步实行收支脱钩，收入全部缴入同级国库，由财政部门统筹安排年度财政支出。二是对尚未纳入预算管理的行政事业性收费，要纳入部门综合预算，收入全额缴入财政专户，支出由财政部门按计划核拨。三是对各种具有专项用途的政府性基金(包括资金、附加、各类专项收费)收入，实行预算编制与统筹调剂相结合的办法，由财政部门根据部门和行业发展规划，编制支出预算，按资金用途统筹安排，实行专款专用，结余资金结转下年度使用。
各执收单位取得的各项收入纳入部门预算管理后，要按照年度收入计划，认真组织收入，确保各项收入计划的完成。对年终收入超额完成预算任务的部分，属于按政策规定应收尽收的，可作为专项资金，全部或部分安排用于执收单位下一年度的事业发展；属于违规收取的，一律予以没收，并依法给予相应处罚。年终收入不能完成计划的，视情况相应调减执收部门支出预算。
六、加强收费和基金收支的监督检查
各级财政部门要按照《财政部关于印发＜
行政事业性收费和政府性基金年度稽查暂行办法＞的通知》(财综[2002]38号)要求，建立行政事业性收费和政府性基金征收管理年度稽查制度，对行政事业性收费和政府性基金收入的征缴情况、票据使用、账户设立以及“票款分离”的实施、资金收取和使用等情况，进行定期或不定期的监督检查，实现稽查工作的经常化、规范化、制度化。各级财政部门的年度稽查工作要与物价部门开展的收费年度审验工作相衔接，并搞好协调配合，避免多头重复检查。各执收部门(单位)要加强对行政事业性收费和政府性基金的征收管理，制定切实可行的措施，既不能超范围、超标准乱收费，也不能应收不收、随意减免，更不能截留收入、私设“小金库”。对违反行政事业性收费和政府性基金管理规定的，要按照有关法律、法规的规定对相关单位予以经济处罚，违纪资金全部收缴，执收执罚单位不再享受相应的资金使用权利。不能追回的款项，可从该部门(单位)财政拨款中扣回。对违纪、违规的责任人，要按照《
违反行政事业性收费和罚没收入收支两条线管理规定行政处分暂行规定》(国务院令第281号)给予行政处分，并通过停止供应收费票据、停止预算外资金拨款等措施，督促单位进行整改。对存在问题严重，构成犯罪的，由司法机关依法追究刑事责任。
