卫生部门要做好农村初级卫生保健工作的综合管理、业务指导、质量监督；加强农村卫生网络建设，加大卫生监督监管力度，提高卫生服务质量和服务效率；制定具体政策措施，切实发挥中医药在农村的优势与作用，在农村卫生技术人员中加强中医药知识和技能的培训，大力推广中医药适宜技术，规范中医药服务。
农业部门要科学指导农民合理使用农药、化肥、兽药、饲料添加剂，预防和减少农业生产过程中发生的残留中毒；加强人畜共患性疾病和虫媒传染病的控制。
环境保护部门要加强对农村环境的监测和监管，严格控制污染物的排放，加强对饮用水源的监督管理，推进农村环境的综合整治，努力提高环境卫生质量。
爱国卫生运动委员会负责改水、改厕的规划实施，组织改水、改厕新技术的交流、推广，负责农村环境卫生的综合监督和指导。
教育、民政、人事、劳动保障、建设、水利、文化、计划生育、广播电影电视、药品监督、扶贫等机构应根据职责，落实有关措施，共同做好农村初级卫生保健工作。
四、实施策略
(一)分级负责。省级负责制定实施农村初级卫生保健的宏观政策、管理标准和工作规范，并进行业务指导和监督评估工作。各市、县(含县级市、区，下同)要围绕本规划纲要提出的总体目标，结合实际，制定本地的农村初级卫生保健实施方案，并具体组织实施。
(二)分阶段实施。原则上，分2003—2007年和2008—2010年两个阶段进行。各地可结合实际情况，明确不同阶段实施不同目标任务的进度和要求，做到整体规划、分段实施、逐项完成、累计积分。加大对实施过程的监督力度，不盲目追求速度，重在内涵发展，切实保证质量。
(三)分类指导。经济发达、农村卫生工作基础较好的地区，要不断丰富农村初级卫生保健工作的内涵，全面提升农村初级卫生保健工作的整体水平；一般地区要针对初级卫生保健工作的难点和重点问题，加大工作力度，每年要有1—2项实质性的突破；经济欠发达地区要结合扶贫开发等，多渠道筹资发展农村卫生事业，保证基本卫生服务的供给，基本控制危害农民健康的主要疾病。各地在分析重点和难点工作的基础上，确定优先发展项目，突出当地特色，争取每年的工作都有新突破。
五、保障措施
1、各地要建立健全相应的农村初级卫生保健工作组织管理体制与领导体制，把开展农村初级卫生保健与农民奔小康、发展农村经济和精神文明建设结合起来，切实把初级卫生保健纳入当地社会经济发展规划，并逐步纳入法制化轨道。
2、各级财政在年度预算中要适当安排农村初级卫生保健专项经费，支持农村初级卫生保健工作的开展。
