出入境检验检疫部门按照《
中华人民共和国国境卫生检疫法》及其《实施办法》的规定，负责涉外人员出入境的卫生检疫；
驻甘部队官兵及职工、家属子女发生的疫情由部队卫生部门负责处理，但须将疫情报告地方疾病预防控制机构。
(二)非典型肺炎疫情处理领导小组办公室设在卫生行政部门，可根据工作需要在办公室下设疫情处理组、医疗救治组、宣传组、保障组等。
疫情处理组由疾病预防控制机构中从事疾病控制管理、流行病学、病毒学、细菌学、检验、消杀等专业人员组成，负责非典型肺炎疫情的收集报告、调查处理、预防和控制措施落实及病原学样品的采集、检测等工作。
医疗救治组由县以上综合医院中从事呼吸、传染病、内科、儿科、放射、检验等专业人员组成，负责收治病人，对疑难危重病人进行抢救治疗，做好医院消毒隔离和个人防护工作。
宣传组负责疫情处理及医疗救治情况汇总，统一对外通报疫情，开展预防知识的社会宣传和健康教育工作；
保障组负责预防控制疫情所需经费的落实，保障消毒、急需治疗药品、器械和防护用品及处理疫情所需的交通工具。
二、疫情处理
(一)分工：县级疾病预防控制机构接到非典型肺炎疫情报告后，要立即组织力量开展流行病学调查，对所有密切接触者进行流行病学追踪调查，并指导和协助医院做好病人的隔离、消毒工作。地级疾病预防控制机构要指导和协助县级疾控机构做好流行病学调查并督导落实疫情控制各项措施。省疾病预防控制中心负责对全省非典型肺炎控制工作的指导，开展流行病学调查业务培训，遇到下列情况必须立即组织专家迅速赶往疫区开展工作：①全省发生的首例病例；②有可能造成较大范围传播；③下级请求指导和协助。首先赶赴现场进行流行病学调查的疾病预防控制机构负责检验样品的采集和送检。
(二)监测：各级疾病预防控制机构、医疗单位、农村预防保健网要把开展非典型肺炎的监测工作作为重点，切实发挥监测网的作用，作好监测、报告工作。
各级都要建立一支数量充足、反应灵敏、行动迅速的非典型肺炎流调队伍，并在车站、机场、大型商场、宾馆和其他群众聚集场所设立非典型肺炎监测点，开展全方位的疫情监测。
铁路、交通、民航部门要高度警惕通过交通工具造成非典型肺炎传播的可能，在铁路、公路沿线和主要航空港口所在的地级城市，设立非典型肺炎病人和疑似病人留验站。制定留验预案和对接触者的调查处理方案。留验站必须对交通工具上发现的非典型肺炎疑似病人负责留验观察和隔离治疗，并做好调查登记。
