(一)财政部门 做好非典型肺炎疫情应急资金的划拨，给予各项防治工作充足的资金保证。
(二)教育部门 在学生中开展防病知识宣传教育，特别是有关非典型肺炎的知识宣传，并通过学生向社会传播相关知识，协助卫生部门指导和督促学校的消毒和登记等工作。
(三)宣传部门 在各级政府的统一领导下，发挥舆论导向作用，与卫生部门密切合作，积极宣传防病知识，提高人们的自我防护意识，做好非典型肺炎疫情处理的宣传报道。
(四)公安部门 发生非典型肺炎暴发流行后，协助卫生部门做好隔离、设卡以及疫区的治安管理和安全保卫工作，维护社会稳定。
(五)经贸部门 负责调运、提供疫情处理所需的药品、器械和设备。
(六)药监部门 负责控制疫情所需治疗、预防等所有药品质量的监督保证。
(七)计委、物价部门 负责控制疫情所需治疗、预防等所有药品价格的稳定。
(八)交通运输部门 交通、铁路、民航等部门在职责范围内做好交通卫生检疫工作，发现可疑病例采取“留验”措施并及时报告当地疾病预防控制机构(卫生防疫站)。优先运送疫情处理人员、药品和器械。
(九)信息产业部门 负责协调相关电信运营企业，保证疫情控制期间的通信畅通。
(十)涉外部门 外事、外经贸、海关、旅游等部门的正常工作因疫情受到影响时，由各市县人民政府报自治区人民政府统一解释说明。
(十一)中国人民解放军和武装警察部队 负责营区内的非典型肺炎监测、疫情处理任务，并协助和支持地方做好疫情处理工作。
四、预案启动条件
当自治区境内发现首例非典型肺炎病例时启动预案，发现首例疑似非典型肺炎病例时，是否启动预案，由“协调小组”决定。
五、经费支持与物资储备
各级人民政府设立专项经费，用于非典型肺炎的预防控制工作，制定药品、器械、防护设施等物资的储备方案。各有关部门配备必要的交通、通讯工具，及现场医疗救护设备和消杀灭药械、个人防护用品，建立网络化管理机制，统一调配保障供应。
六、评估和总结
非典型肺炎疫情处理结束后，各部门在两周内向领导小组提交工作报告，卫生部门对疫情处理过程和结果进行评估，并及时总结经验教训，提出建议。
七、奖励与处罚
