内窥镜室应制定“消毒隔离制度”，并配备消毒工作记录本。
第六章 内窥镜使用管理
第二十三条 进行内窥镜诊治前，必须对病人做乙肝表面抗原(HbsAg)等过筛检查；对疑似结核病人使用支气管镜、喉镜时应做痰结核菌检查。
凡以上检查结果病原微生物阳性的病人或非特异性肠炎患者等应使用专用内窥镜；无条件使用专用内窥镜的基层医疗机构，应将此类病人安排在每日检查的最后，并单独进行特殊的消毒灭菌处理。
急诊患者应当作为特殊患者(结核、肝炎、艾滋病患者)，其使用过的内窥镜应按规定延长消毒时间。
血液病原微生物指标检测有效期为6个月，超此期限，应重新检测。
第二十四条 为保证内窥镜的清洗消毒质量，应根据各类内窥镜清洗消毒所需时间，严格限定诊疗人数，如用2％碱性戊二醛消毒，则每条胃镜每4小时的诊疗人数不得超过8至10人。
第二十五条 工作人员操作或清洗内窥镜时，应穿防渗透工作外衣，戴橡胶手套，有条件的医疗机构可配备防护镜和面罩，工作人员应接种乙肝疫苗。手套应每例患者诊疗后更换，脱去手套后应洗手，必要时消毒双手。需灭菌处理的内窥镜使用应按手术室要求进行穿戴和消毒。
第二十六条 医疗机构应当建立健全内窥镜诊疗预约登记、病人过筛检查、技术操作程序及用后清洁、消毒或灭菌、消毒效果监测等制度。
第二十七条 每日诊疗工作结束，应当将消毒后的内窥镜各管道用浓度为75％乙醇进行冲洗、干燥，储存于专用洁净柜或镜房内，镜体应悬挂，弯角固定钮应置于自由位，活检钳瓣应张开。储柜内表面和内窥镜房墙壁内表面应光滑、无缝隙、便于清洁，每周清洁消毒一次。
第二十八条 应当灭菌的内窥镜及附件应当按无菌物品的要求进行保存。
第七章 内窥镜消毒与灭菌效果监测
第二十九条 生物学监测应当遵守以下规范：
(一)消毒后内窥镜：每月监测一次。合格标准：细菌总数＜20cfu／件，不能检出致病菌(包括金黄色葡萄球菌、β溶血链球菌和沙门氏菌)；
