第五条 内窥镜使用后，应先消毒后清洗，在使用前还应根据内窥镜不同类型的要求再进行消毒或灭菌处理。
可疑结核杆菌、肝炎病毒、艾滋病毒感染或非特异结肠炎患者等使用过的内窥镜，必须遵循先消毒(置于“三槽”以外的消毒容器中进行初步消毒)、再清洗、消毒或灭菌处理的原则，并适当延长消毒时间。
第六条 在用液体浸泡法消毒内窥镜插管的同时，应当对所有的通道分别用清洁剂、消毒剂和水进行冲洗。
经化学消毒剂处理的内窥镜，在使用前必须用无菌水进行冲洗，去除残留的消毒剂。
第七条 对内窥镜及其附件清洗、消毒，应当按以下程序进行：
(一)内窥镜清洗消毒程序：
初消毒→水洗→酶洗→消毒或灭菌→冲洗→干燥→贮存备用。
(二)内窥镜附件清洗消毒程序：
初消毒→水洗→酶洗→干燥→灭菌(单个独立包装)→贮存备用。
第三章 内窥镜及附件清洗
第八条 软式内窥镜使用后，应立即用浓度为75％的酒精纱布擦去外表面污物，再反复送气与送水至少10秒钟，然后置于消毒液中浸泡5至10分钟进行初步消毒，送清洗消毒室。
软式内窥镜的清洗消毒室应配备三槽：清洗槽、消毒槽、冲洗槽。
软式内窥镜的清洗程序如下：
(一)水洗
1．将内窥镜放入清洗槽内：
(1)在流动水下充分冲洗，用纱布反复擦洗镜身不少于5次，同时将操作部清洗干净；
(2)取下活检入口阀门、吸引器按钮和送气送水按钮，用清洁毛刷刷洗活检孔道3次，再以45°角、90°角分别刷洗活检孔道和导光软管吸引器管道，每次刷洗必须两头见刷头，并去掉刷头上的污物，重复刷洗不少于3次；
(3)安装全管道灌流器、管道插塞、防水帽和吸引器，用吸引器反复吸引活检孔道；
(4)全管道灌流器接50毫升注射器，吸清水注入送气送水管道。
上述冲洗不得少于3分钟。用吸引器吸干活检孔道的水份并擦干镜身，将内窥镜放入含酶洗液中。
2．取下的吸引器按钮、送水送气按钮和活检入口阀，用清水冲洗干净，擦干，放入含酶洗液中。
3．内窥镜附件，如活检钳、细胞刷、切开刀、导丝、碎石器、网篮、造影导管、异物钳等使用后，先放入清水中，用小毛刷刷洗钳瓣内面和关节处，清洗、擦干后，放入含酶洗液。
