按照《重庆市扶贫开发五年规划》的要求，市、区县(自治县、市)政府要把卫生扶贫作为政府扶贫的一项重要内容，纳入扶贫工作计划，安排一定的扶贫资金，用于贫困乡(镇)、村卫生基础设施建设、妇幼卫生、传染病、地方病防治和改善农村饮水条件。
五、建立和完善农村合作医疗制度和医疗救助制度
16、建立新型的农村合作医疗制度。各级政府要加强组织引导，支持建立新型农村合作医疗制度，重点解决农民因病致贫、因病返贫问题，不能把农民为参加合作医疗、抵御疾病风险而履行缴费义务视为增加农民负担。农村合作医疗制度应与当地经济社会发展水平和农民经济承受能力相适应，坚持自愿原则，反对强迫命令，实行农民个人缴费、集体扶持和政府资助的筹资办法，并探索和建立稳定的合作医疗筹资机制。要建立有效的管理体制和监督机制，确保农村合作医疗持续、健康、有效运行。开展合作医疗的地方每年要为当年未享受补偿的参保农民进行一次免费常规性体检。在实施农村合作医疗工作中，要先行试点，获取经验，逐步推广。到2010年，新型农村合作医疗制度要基本覆盖农村居民。有条件的地方可鼓励农民参加商业医疗保险。
17、实行农村贫困家庭医疗救助。农村医疗救助对象主要是农村五保户和贫困农民家庭。医疗救助形式可以是对救助对象患大病给予一定的医疗费用补助，也可以是资助其参加当地合作医疗。各地要通过财政安排和社会各界捐助等多种渠道，筹集和建立独立的医疗救助资金。农村医疗救助实行个人申请，村民代表会议评议，民政部门审核批准，医疗机构提供服务的管理体制。
18、政府对新型农村合作医疗制度给予资金支持。各级政府要安排经费，对实施新型农村合作医疗给予资金支持。从2003年起，各级财政按照分级负担的原则，每年对参加新型农村合作医疗的农民给予每人不少于10元的补助，农民个人缴纳的合作医疗经费每人每年不低于10元。贫困农民家庭、农村五保户和在农村享受抚恤补助的优抚对象(享受实报实销的伤残军人除外)个人缴纳部分由各区县(自治县、市)解决。有关合作医疗的管理办法将另行制定。
六、加强农村医药卫生执法监督和管理
19、强化农村卫生行业管理。各区县(自治县、市)卫生行政部门要实行农村卫生全行业管理，强化农村卫生机构、从业人员、卫生技术应用等方面的准入管理。加强对农村卫生机构服务质量的评估和管理，重点对农村卫生机构医疗操作规程、合理用药和一次性医疗用品、医疗器械消毒进行监督检查，规范卫生服务行为，保证农民就医安全。
