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(一)卫生部门
制定防治传染性非典型肺炎应急处理预案并负责组织实施。建立疫情值班和疫报制度，依法实行疫情日报和零报制度。承担防治知识宣传教育工作。建立定期新闻通报制度，及时发布有关信息。做好防治药品、防护用品、消毒用品等物资的储备。
(二)铁路、交通、民航部门
结合实际，制定本部门防治工作预案，加强交通工具传播传染性非典型肺炎防治工作。严把“非典”输入关，负责建立铁路、公路、航空留验站，做好乘客登记排查工作，发现“非典”病人或疑似病人，立即就地隔离、就地观察、就地治疗，做到早发现、早报告、早隔离、早治疗。做好交通工具、候机楼、候车室等运输工具和公共场所消毒工作。
(三)教育部门
加强学校和托幼机构防治传染性非典型肺炎工作的领导，制定相关防治工作预案。组织开展多种形式的传染病防治知识宣传教育活动。建立校园内公共场所定期消毒制度。加强对学校人群的监测，在校医务室设立临时隔离室。及时报告疫情，积极配合医疗单位和疾病预防控制机构做好疫情应急处理工作。
(四)财政部门
设立防治工作预备金，妥善解决“非典”防治工作专项经费。做好防治“非典”物资设备、疫情监测、诊断治疗及预防控制工作经费保障工作。解决城镇下岗失业人员、农村牧区贫困人口和其他社会救助人员“非典”患者的医疗费用补助。
(五)旅游部门
制定本部门预防应急工作预案。严格实行疫情首见负责制。教育培训本系统员工做到“两熟知”、“两能够”，即熟知国家疾病预防控制中心公布的传染性非典型肺炎的症状、特征和预防措施，熟知本省及组团旅游地区地级以上城市设立的留验站和指定医院名称；能够对“非典”表现症状做出大致判断和及时反应，能够及时履行报告制度，并搞好现场控制。负责旅游饭店、餐馆、景区(点)、娱乐场所及交通工具的消毒清洁工作。加强节日及重大活动期间旅游安全大检查，全力以赴做好预防工作，确保安全健康。
(六)劳动保障部门
扩大“非典”治疗用药范围和检查范围，及时核报参保患者“非典”救治费用，“非典”患者属公务员的，按规定落实公务员医疗补助。
(七)计划、经贸、药监部门
计划部门要加强价格监管，严厉打击哄抬药价等不法行为，维护市场稳定。经贸部门要确定防治“非典”药品储备及供应企业，严格实行24小时值班制度，确保储备计划所列药品、医疗器械的品种、数量和质量，并确保应急防治药品在24小时内调运送达。药监部门要加强市场监管，规范药品经销行为，严厉打击假冒伪劣药品等不法行为。
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