(一)清产核资。各级财政部门会同经贸、税务、供销社、农发行等有关部门，清查、核实棉花企业资产、负债、所有者权益总量及构成，清理债权、债务。清产核资工作原则上按《国务院办公厅关于在城镇集体企业、单位
开展清产核资工作的通知》(国办发[1996]29号)和财政部、
国家经贸委、税务总局《关于印发＜城镇集体所有制企业、单位清产核资暂行办法＞的通知》(财清字[1996]11号)的有关规定执行。有关财务处理问题参照税务总局、财政部、国家经贸委《关于印发＜城镇集体所有制企业、单位清产核资财务处理暂行办法＞的通知》(国税发[1996]232号)执行。清产核资的基准日为2001年12月31日。对1999年9月1日以前的资产、负债数额，以各有关部门共同清理核查的截止日期1999年8月31日的财务数据为依据；对1999年9月1日至2001年12月31日的资产、负债情况，要进行全面的清产核资。对于国发[2001]27号文件下发后进行过改制或权属关系发生重大变化的棉花企业，也必须进行清产核资，如债权、债务已合理确定，且有银行的债权落实证明，没有逃废、悬空银行债务，则予以确认；不符合要求的，应重新确定债权、债务。
(二)产权界定。各级财政部门要会同经贸、税务、供销社等有关部门，在清产核资的基础上，本着“依法确定、尊重历史、宽严适度、有利监管”的原则，对棉花企业进行产权界定。除国家法律、法规另有规定外，棉花企业产权界定工作按照国家经贸委、
财政部、税务总局《关于印发＜城镇集体所有制企业、单位清产核资产权界定暂行办法＞的通知》(国经贸企[1996]895号)的有关规定执行。
(三)企业改革。在各级政府的领导下，各级供销社按照区别对待、分类指导的原则，结合本地棉花企业的实际情况，提出棉花企业改革的具体意见，报同级人民政府社企分开工作领导小组批准后组织实施。净资产较多，资产质量较好，符合棉花购销、加工条件的规模较大的棉花企业，应建立现代企业制度。鼓励棉花企业通过相互参股，吸引社会法人和自然人入股，或是向社会法人和自然人转让股权，推进投资主体多元化。净资产较少，资产质量一般，符合棉花购销、加工条件的中小型棉花企业，通过改组、兼并、联合、出售等形式放开搞活。要大力促进股权转让流动，使经营者、经营层和技术业务骨干多持股、持大股或控股经营。涉及企业兼并的，兼并企业要承担被兼并棉花企业的全部债权、债务和职工安置工作；涉及企业出售的，出售所得应优先安置企业职工和偿还所欠银行债务。资不抵债，连年亏损，扭亏无望，不能按期偿还债务的棉花企业，应依法实施破产。破产财产按有关法律规定的清偿顺序进行清偿。要把稳定工作放在首位。破产企业要妥善安置职工，对安置职工费用不足的部分，由同级供销社出资弥补，供销社无力承担的部分，由同级人民政府负担。经营亏损，职工较少，债权、债务明晰的棉花企业，可关闭或依法破产。债务人与债权人对债务问题的处理达成一致意见，又能安置好职工的企业，可由供销社依法注销；对不能清偿债务，又不能达成协议的，可依法破产。
