新型农村合作医疗制度实行个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制。
(一)农民个人每年的缴费标准不应低于10元，经济条件较好的地方可相应提高缴费标准。乡镇企业职工(不含以农民家庭为单位参加新型农村合作医疗的人员)是否参加新型农村合作医疗由县级人民政府确定。
(二)有条件的乡村集体经济组织应对本地新型农村合作医疗制度给予适当扶持。扶持新型农村合作医疗的乡村集体经济组织类型、出资标准由县级人民政府确定，但集体出资部分不得向农民摊派。鼓励社会团体和个人资助新型农村合作医疗制度。
(三)省、市、县财政每年对参加新型农村合作医疗农民的资助总额不低于人均10元。从2003年起，省财政对省级合作医疗试点县(市、区)的参保农民按每人每年平均5元安排补助资金(根据各地财政状况和农民人均纯收入水平，分别按人均3元、5元、7元的标准给予补助)，差额部分由市、县 (市、区)、乡财政补齐，经济条件较好的市、县 (市、区)可提高补助标准。市和各试点县(市、区)、乡财政对参保农民的补助标准和分担比例由设区的市人民政府确定。省财政安排的补助资金不含青岛市所属县(市、区)。
五、资金管理
农村合作医疗基金是由农民自愿缴纳、集体扶持、政府资助的民办公助社会性资金，要按照以收定支、收支平衡和公开、公平、公正的原则进行管理，必须专款专用，专户储存，专门管理，不得挤占挪用。
(一)农村合作医疗基金由农村合作医疗管理委员会及其经办机构进行管理。农村合作医疗经办机构应在管理委员会认定的国有商业银行设立农村合作医疗基金专用账户，确保基金的安全和完整，并建立健全农村合作医疗基金管理的规章制度，按照规定合理筹集、及时审核支付农村合作医疗基金。
(二)农村合作医疗基金中农民个人缴费及乡村集体经济组织的扶持资金，原则上按年由农村合作医疗经办机构在乡(镇)设立的派出机构(人员)或委托有关机构收缴，存入农村合作医疗基金专用账户；各级财政支持资金，由同级财政部门根据参加新型农村合作医疗的实际人数，划拨到农村合作医疗基金专用账户。各级财政要确保补助资金及时、全额拨付到农村合作医疗基金专用账户，并通过新型农村合作医疗试点逐步完善补助资金的划拨办法，尽可能简化程序，易于操作。关于新型农村合作医疗资金具体补助管理办法，由省财政厅根据国家规定商有关部门研究制定。
(三)农村合作医疗基金主要补助参加新型农村合作医疗农民的大额医疗费用或住院医疗费。有条件的地方，可实行大额医疗费用补助与小额医疗费用补助结合的办法，既提高抗风险能力又兼顾农民受益面。对参加新型农村合作医疗的农民，年内没有动用农村合作医疗基金的，要安排进行一次常规性体检。省卫生厅要会同有关部门制定农村合作医疗报销基本药物目录。各县(市、区)要根据筹资总额，结合当地实际，科学合理地确定农村合作医疗基金的支付范围、支付标准和额度，确定常规性体检的具体检查项目和方式，防止农村合作医疗基金超支或过多结余。
