(一)依据国家或甘肃省重点发展规划和优势学科，申报实验室由依托单位提出、归口管理部门择优推荐(无归口管理部门的机构，可直接向省科技厅申报)，并报送《甘肃省重点实验室建设申请书》，省科技厅组织专家评审。评审通过后，由申请单位填报《甘肃省重点实验室建设计划任务书》，经归口管理部门初审。报省科技厅审批，审批合格的予以立项。
(二)实验室立项后进入建设实施期，其所获建设经费应根据《甘肃省重点实验室建设计划任务书》要求安排，主要用于购置先进仪器设备及必要软件等，大型仪器设备的购置应采用招标。
(三)实验室建设应本着“边建设、边研究、边开放”的原则。依托单位在实施实验室建设期间，应定期向省科技厅和归口管理部门报告进展情况，保证实验室人员的相对稳定。
(四)实验室建设期限一般不超过2年。建成后，应提交验收或评估申请，经归口管理部门初审后报省科技厅，由省科技厅组织验收或评估。合格者予以批准并颁发匾牌。
第十条 鼓励省部共建实验室，探索有利于科技创新的新型科研组织形式。
第四章 主要任务
第十一条 实验室的主要任务是；
(一)承担国家或地方重大基础性和应用基础科学研究项目，发挥该领域学科、技术、人才优势，开展多学科交叉前沿性研究，使该领域保持国内领先并达到国际水平。
(二)组织或联合国内外相关领域内的研究力量，开展相关科学研究。
(三)为甘肃省在该领域内重点发展的支柱产业和高新技术产业工程技术研究，提供科研成果储备。
(四)组织学术交流，及时传播国内外科技动态，为甘肃科技、经济发展方向提供指导。
(五)在项目研究过程中吸引、培养高素质的研究人员，为甘肃经济发展培养、引进、输送高层次的学术和科研带头人。
(六)开放实验室以研究工作开放为主，同时实行仪器设备、设施及技术、图书资料、软件等条件的开放，注重仪器设备和计算机网络的建设与使用效率。
(七)重视科学道德建设，加强数据、资料、成果的科学性和真实性审核以及保存工作。
第五章 运行与管理
第十二条 实验室实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，试行依托单位领导下的主任负责制。
第十三条 实验室在其开展研究业务方面相对独立，经济上实行单独核算。
